ZitatDie Serie umfasst Erzählungen, die sich während der gesamten Geschichte der Menschheit von ihrer frühen Entwicklung bis zu ihrem Niedergang weit in der Zukunft erstrecken. Dabei lässt sich die Serie, von einigen frühen Geschichten abgesehen, in zwölf Kapitel einteilen. Die Geschichten springen in der Zeit vor und zurück, beginnend mit weiter Vergangenheit und Zukunft, dann mit jedem Sprung näher aneinander heran rückend. An jeder der Episoden ist stets der Phoenix beteiligt, der mystische Vogel der Wiedergeburt und des ewigen Lebens. Oft dreht sich die Handlung um die Erlangung eben jenes ewigen Lebens durch das Blut des Phoenix. Während manche Menschen gezielt nach dem Wesen suchen und so der Phoenix die Geschichte überhaupt erst in Gang setzt, geraten andere zufällig an den stets in Glanz oder Flammen gehüllten Vogel. Dieser mahnt sie stets, die Gesamtheit des Kosmos und die Verbundenheit allen Lebens zu achten und führt sie auf den Pfad höherer Erkenntnis. Er tritt als unsterbliches, nicht von Zeit und Raum abhängiges Wesen auf, das die Menschheit und das Leben beobachtet und es von Zeit zu Zeit beschützt. Die handelnden Personen kommen mehrfach in den Geschichten vor, als Wiedergeburten ihrer früheren Identitäten aus Geschichten in der Vergangenheit.
Tezuka selbst sagte über Phoenix, er wollte „ein Werk über die Kontinuität des Lebens schreiben. Der Vogel ist ein Symbol des Lebens. Die Charaktere, die ihn treffen, haben Angst vor dem Tod. […] Sie wollen für immer leben, verjüngt werden und leiden an ihrer Unfähigkeit dazu.“ Der Phoenix lehre sie, dass der Mensch die lange Zeit seines Lebens achten und einen Sinn darin suchen solle. Hat er doch so viel länger zu leben als zum Beispiel Insekten.
Die Geschichten sind immer wieder von stark abstrahierten Bildern geprägt, insbesondere in Szenen, die sich mit der Psyche der Protagonisten befassen und deren Bewusstsein erkunden.