Rikka Isurugi ist ein junges Mädchen, das in ihrem Elternhaus am Rande von Brad City lebt. Sie ist die Nachfahrin von Ninjas und soll in die Fußstapfen ihres Großvaters Hyoei Isurugi treten und das nächste Familienoberhaupt werden. Sie möchte jedoch wie ihr Vater Allen Isurugi sein, ein renommierter Roboterwissenschaftler. Eines Tages kehrt Rikka zu ihrem Geburtstag von der Schule nach Hause zurück und stellt fest, dass sie von einem Killerkommando angegriffen wird, das von Lauren, der ehemaligen Kollegin ihres Vaters, angeführt wird, um seine Forschungen zu erhalten, darunter drei KI-Roboter-Tierdrohnen: Kasumi der Adler, Oboro der Hund und Madara das fliegende Eichhörnchen. Hyoei versucht sich zu wehren, wird jedoch von Laurens Tochter, einem Esper, der durch ein elektronisches Halsband unter seiner Kontrolle steht, zurückgehalten und tödlich verwundet. Allen wird angeschossen und stirbt, aber die Drohnen bringen Rikka in Sicherheit, wo sie schwört, ihre Familie zu rächen.
Sechs Monate später firmiert Rikka nun unter dem Pseudonym „Lily“ und lebt mit ihrer Mitbewohnerin Melissa in einer kleinen Wohnung. Sie arbeitet als Detektivin in Ausbildung bei Harold Berkeley und nutzt die Tierdrohnen, um Informationen über die Mörder ihrer Familie zu finden, die mit der Firma Gradsheim in Verbindung stehen. Lily beobachtet eine ihrer Einrichtungen, wird aber von Sicherheitskräften erwischt. Glücklicherweise wird ihr von einem Mädchen namens Mia geholfen, das für sie bürgt, und die beiden werden schnell Freunde. In dieser Nacht infiltriert Lily die Einrichtung, um die Forschungen ihres Vaters zu bergen. Sie wird jedoch von Lauren und dem Esper erwischt, der sich als Mia herausstellt. Als Lauren Lilys Identität entdeckt, befiehlt Lauren Mia, sie zu töten, aber sie widersetzt sich seiner Kontrolle und wird durchgedreht; zerstört die Anlage und erlaubt Lily, mit ihr zu fliehen.
Die Tierdrohnen hindern Lily daran, Mia zu töten, und sie nimmt Mia mit in ihre Wohnung, wo Melissa ihr hilft, sich zu erholen. Lauren schickt eine Militärdrohne, die mit Allens KI-Forschung erstellt wurde, um Lily zu töten, aber gemeinsam locken Lily und Mia die Drohne zu Lilys Haus, wo sie sie mit den Ninja-Fallen des Hauses deaktivieren. Lauren greift sie dann an und zerstört das Haus mit Esperkräften, die er aus seinen Nachforschungen über Mia gewonnen hat. Mia kämpft gegen ihn, wird aber besiegt, während Lily eine Aufnahme ihres Vaters und Großvaters findet, die ihr alles Gute zum Geburtstag wünscht und ihr ein Geschenk macht: einen "Black Fox"-Ninja-Anzug mit kybernetischen Verbesserungen. Sie nimmt ihre wahre Identität als "Rikka" wieder an, zieht den Anzug an und besiegt Lauren. Dann legt er Mia jedoch das elektronische Kontrollhalsband an und überträgt seine Kräfte auf sie, wobei er sich selbst tötet, was dazu führt, dass sie Rikka angreift. Am Ende gelingt es Rikka mit Hilfe der Tierdrohnen, das Halsband zu zerstören und Mia zu befreien.
Später hält der Präsident von Gradsheim, Brad Ingram, eine Pressekonferenz ab, in der er jede Beteiligung an dem Vorfall mit der Militärdrohne bestreitet, aber Rikka erkennt ihn als den Drahtzieher des Angriffs auf ihre Familie an. Rikka, die jetzt den Codenamen "Black Fox" trägt, plant mit Hilfe von Mia, Melissa und den Tierdrohnen, Brad als nächstes zu verfolgen.