Im Jahr 2005 entdeckt die NASA einen erdähnlichen Planeten, auf dem man sich intelligentes Leben erhofft. Über eine Satellitenstation auf Hawaii sendet sie ein Signal an einen speziellen Satelliten im Orbit der Erde, der das Signal verstärkt und in Richtung des neu entdeckten Planeten schickt. Etwa zur selben Zeit feiert Alex Hopper mit seinem Bruder Stone feucht-fröhlich seinen Geburtstag in einer Bar. Dabei versucht er, die Aufmerksamkeit einer Frau auf sich zu lenken, indem er ihr eine Portion „Chicken Burrito“ besorgen will. Hierfür bricht er in ein nahes Geschäft ein und wird vor ihren Augen von der Polizei gestellt. Von seinem aufgebrachten Bruder erfährt Alex, dass es sich bei der Frau um Samantha handelt, die Tochter von Navy-Kommandeur Admiral Shane, welcher wiederum der Vorgesetzte von Stone Hopper ist. Um seinen Bruder zu disziplinieren, ordnet Stone daraufhin an, dass Alex sich bei ihm in der Navy einschreibt.
Jahre später ist Alex Lieutenant der Navy und als Waffenoffizier auf dem Lenkwaffenzerstörer USS John Paul Jones stationiert. Alex ist inzwischen mit Samantha zusammen, traut sich jedoch nicht, ihren Vater, den Admiral, um dessen Einwilligung für die Hochzeit zu bitten. Zum gleichen Zeitpunkt beginnt vor der Küste Hawaiis das große internationale Flottenmanöver RIMPAC. Nach der Eröffnungszeremonie gerät Alex mit dem japanischen Kapitän Nagata aneinander, was zu einer Rüge durch Admiral Shane führt. Als ein weiterer von vielen Fehltritten soll dies zu Alex' Ausschluss aus der Navy führen, sobald das Manöver beendet ist.
Als die internationale Flotte ausläuft, werden im Weltraum fünf Objekte entdeckt, die sich der Erde im Formationsflug nähern. Eines davon kollidiert mit einem Satelliten im Orbit und stürzt mitten in Hongkong ab. Die restlichen Flugkörper landen im Ozean vor Hawaii. Daher werden mit der USS Sampson unter Stone Hoppers Kommando, der Myōkō unter Nagatas Befehl und der John Paul Jones mit Alex an Bord drei Zerstörer entsandt, um die empfangenen Signale zu untersuchen. Von dem in Hongkong geborgenen Flugobjekt wird derweil vermutet, dass es sich um eine Kommunikationseinheit nicht-irdischen Ursprungs handelt.
Die drei Zerstörer entdecken im Meer vor Hawaii ein aus dem Wasser ragendes Gebilde, das aber von den Radargeräten nicht erfasst werden kann. Alex wird mit den Besatzungsmitgliedern Raikes und Beast zur Untersuchung losgeschickt. Das Gebilde entpuppt sich als Raumschiff, das durch eine Berührung von Alex erwacht und einen Energieschild von rund 200 Seemeilen Durchmesser aufbaut, der die drei Schiffe sowie die hawaiianische Inselgruppe von der Außenwelt abschneidet. Als drei weitere Alien-Raumschiffe aus dem Wasser auftauchen und sich gegenüber den drei Zerstörern in Position begeben, eröffnet die Sampson das Feuer. Als Reaktion darauf wird sie von einem der Raumschiffe zerstört, wobei auch Stone Hopper umkommt. Auch die John Paul Jones wird angegriffen und beschädigt, wobei ihre kommandierenden Offiziere umkommen. So muss Alex als nun ranghöchster Offizier das Kommando übernehmen. Er befiehlt den Angriff, bricht diesen auf Anraten der Besatzung jedoch ab, nachdem die Myōkō ebenfalls versenkt worden ist, um stattdessen Überlebende aus dem Wasser zu bergen und sich zurückzuziehen.
Die gegnerischen Raumschiffe, die sich stets in der Nähe der Wasseroberfläche aufhalten, können weder über Radar noch per Sicht erfasst werden. Kapitän Nagata, der zu den Überlebenden der Myōkō zählt, schlägt deshalb vor, sie über das Tsunami-Warnsystem der NOAA zu lokalisieren. Das System meldet über ein Netz von Bojen die Wellenbewegungen, und durch die Wasserverdrängung der Raumschiffe lässt sich so deren Standort ermitteln. Alex übergibt das Kommando an Nagata, und dieser lässt die Raumschiffe unter Beschuss nehmen, dabei riskierend, selbst entdeckt zu werden. Es gelingt, zwei der Raumschiffe zu vernichten. Das verbliebene dritte Raumschiff macht nun Jagd auf den Zerstörer.
Inzwischen hat Samantha zusammen mit dem ehemaligen Soldaten Mick Canales entdeckt, dass ein Trupp Außerirdischer die Satellitenstation auf Oʻahu eingenommen hat. Sie treffen auf den von dort entkommenen Wissenschaftler Cal, der vermutet, dass die Aliens die Station betriebsbereit machen wollen, um Kontakt mit ihrer Heimatwelt aufzunehmen, da ihre eigene Kommunikationsstation beim Anflug auf die Erde zerstört worden ist. Cal gelingt es, eine Funkverbindung mit der John Paul Jones aufzubauen, und Samantha bittet Alex, die Satellitenstation zu zerstören.
Alex nutzt die Deckung der Küste, um dem verbliebenen Raumschiff aufzulauern. Als es die John Paul Jones erreicht, schießen Alex und Nagata mit Scharfschützengewehren auf die Brücke des gegnerischen Schiffes und zerstören die Verglasung, die den lichtempfindlichen Außerirdischen als Blendschutz gedient hat. Geblendet von der eben aufgehenden Sonne, können sie dem konzentrierten Angriff der John Paul Jones nicht entgehen und werden zerstört, können jedoch noch zwei autarke Kampfmaschinen freisetzen, die sich in die John Paul Jones fräsen und den Zerstörer von innen förmlich auflösen. Die Besatzung um Alex entkommt in Rettungsbooten.
Mittlerweile gelingt es Samantha und ihren Begleitern, die Bemühungen der Außerirdischen zu sabotieren. Um jedoch die Anlage endgültig zu zerstören, reaktiviert die Besatzung der John Paul Jones das außer Dienst stehende, in ein Museum umgewandelte Schlachtschiff USS Missouri, dessen veraltete Technik sie zunächst nicht bedienen können. Erst mithilfe der Veteranen, die sich an Bord der Missouri befinden, können sie das Schiff wieder flottmachen und attackieren das letzte und größte Raumschiff der Außerirdischen. Mit einer Finte gelingt es Alex, das Raumschiff zusammen mit den Energieschild-Generatoren zu zerstören, was zum Zusammenbruch des Energieschilds führt. Gerade als es dem Kommandotrupp der Außerirdischen auf Oʻahu gelingt, die Satellitenanlage in Betrieb zu nehmen, wird diese mit dem letzten verbleibenden Geschoss der Missouri vernichtet. Kurz vor seinem Untergang setzt das große Alien-Raumschiff noch drei der Kampfmaschinen frei, die schon die John Paul Jones versenkt haben. Bevor diese jedoch das Schlachtschiff erreichen, werden sie von eintreffenden Kampfflugzeugen der RIMPAC-Flotte zerstört.
Die beteiligten Offiziere werden von Admiral Shane für ihre Tapferkeit während der vorangegangenen Ereignisse ausgezeichnet. Nach dem Ende der Zeremonie hält Alex bei Shane um die Hand von Samantha an. Dieser weist Alex zunächst zurück, lädt ihn dann aber zu einer Portion „Chicken Burrito“ ein, um das Thema weiter zu verfolgen.
Am Ende des Abspanns sieht man drei Kinder in Schottland, die ein weiteres kleines, abgestürztes Raumschiff auffinden.
