Die Pfefferkörner sind fünf Freunde aus Hamburg. Nach der Schule treffen sich die Nachwuchsdetektive in ihrem Hauptquartier auf dem Boden des Gewürzlagers der Firma Overbeck & Consorten in der Hamburger Speicherstadt, die anfangs den Eltern von Fiete und Vivi gehört und später Fiete geschenkt wird.
Mit Pfiffigkeit, Kombinationsgabe und Unterstützung des Internets ermitteln sie hier ihre Fälle. Die Spürnasen überführen Umweltsünder, Tierhändler und Drogenschmuggler. Sie helfen sich aber auch gegenseitig bei persönlichen Problemen, die sie manchmal bedrücken. Cem hat seine Eltern bei einem Autounfall verloren, ist manchmal traurig und fühlt sich einsam. Jana lebt nach der Scheidung der Eltern bei ihrer Mutter, einer Rechtsanwältin, die nur selten zu Hause ist. Natascha kommt aus Lettland und ihre Eltern haben anfangs sehr strenge Regeln, was ihre Erziehung anbelangt, was Natascha unglücklich macht. Fiete hat Probleme, seine Gefühle zu zeigen, und versteckt sie hinter Ruppigkeit und Mädchenfeindlichkeit, bis er sich in Natascha verliebt. Die beiden kommen im Laufe der Serie zusammen. Vivi leidet unter ihrer Rolle als jüngstes Gruppenmitglied. Sie glaubt, dass sie ständig um Anerkennung kämpfen muss. Sie kümmert sich um Hündin Cola, die dem Zollbeamten Uli (Rolf Nagel) gehört.
Die gemeinsam bestandenen Abenteuer und gelösten Konflikte lassen die Pfefferkörner schließlich zu einer eingeschworenen Gemeinschaft werden, in der sich jeder auf den anderen verlassen kann.
