Der Film Nostradamus zeigt in chronologischer Reihenfolge die wichtigsten Ereignisse in Nostradamus’ Leben; insbesondere seinen Werdegang als Heiler, Seher und Wissenschaftler. Dabei wird das Spannungsfeld zwischen Kirche, Wissenschaft und Politik im Frankreich des 16. Jahrhunderts aufgezeigt.
Der Film startet mit einer alptraumhaften Weltuntergangs-Vision des Knaben Michel de Nostredame und einem kurzen Einblick in das Umfeld der angesehenen Familie konvertierter jüdisch-stämmiger Ärzte und Händler. Auch die wesentlichen Konfliktfelder seines Lebens brechen sofort mit traumatisierender Brutalität über den Jungen herein, als er hilflos zusehen muss, wie Sophie, eine kluge heilkundige Magd der Familie, von den Inquisitoren der Inquisition verbrannt wird.
Die Konflikte setzen sich in Michel de Nostredame’ Medizinstudium als Kampf zwischen moderneren wissenschaftlichen Methoden im Gegensatz zur machtgestützten Dogmatik fort, vor allem im Umgang mit der Pest.
Der ärztliche Lehrer und väterliche Freund Dr. Scalinger erkennt Michels wahre Begabung in den Visionen und ermöglicht ihm den Zugang zu verbotener Literatur und esoterischen Mitteln, um diese Gabe zu vervollkommnen und zu deuten. Andererseits wird de Nostredame durch das Auffinden einer verbotenen Schrift bei seiner Frau seiner ersten Familie durch die Inquisition beraubt.
Das unvorstellbare Grauen, das sich ihm in der Folge für die kommenden Jahrhunderte offenbart, treibt ihn neben seinem Ringen um menschliche Medizin und der Gratwanderung gegenüber ärztlichen Neidern und kirchlichen Feinden zum verschlüsselten Aufschreiben seiner Prophezeiungen zur Warnung für künftige Generationen.
Eine konkrete Vision des Todes des französischen Königs Heinrich II. kostet ihm fast das Leben, bescherte ihm aber letztlich den Schutz der königlichen Witwe Katherina von Medici bis zu seinem Lebensende.