Boston Legal zeigt als Ableger des vielfach prämierten Practice – Die Anwälte den Arbeitsalltag der hochangesehenen Bostoner Anwaltskanzlei Crane, Poole & Schmidt, die sich sowohl mit Zivil- als auch Strafrecht befasst. Damit schlägt die Serie eine Brücke vom Vorgängerformat, das sich konsequent und kontrovers mit der unschönen Seite des amerikanischen Strafrechts auseinandersetzte, zu den eigenwilligen Figuren aus Ally McBeal.
In der Regel werden in einer Folge zwei Fälle parallel von verschiedenen Teams von Anwälten betreut und abgeschlossen. Erst ab der dritten Staffel gibt es längere Handlungsbögen: Über mehrere Folgen hinweg wird der aufwändige Prozess rund um die Ermordung von Richter Hoopers Ehefrau verfolgt. Denny Crane verliebt sich in die kleinwüchsige Frau Bethany Horowitz und fängt etwas mit ihrer Mutter an, mit der er bereits in der Vergangenheit verlobt war. Zwischen Brad Chase und Jeffrey Coho entwickelt sich eine innige Feindschaft, die sich auch um ihre gemeinsame Bettgefährtin Denise Bauer dreht. Als Denise schwanger wird und herauskommt, dass das Kind von Brad ist, verlässt Jeffrey Coho die Kanzlei wieder. Denise und Brad heiraten. In der vierten Staffel wird das Team von Carl Sack, der Paul Lewiston ersetzt, sowie von Katie Lloyd, Lorraine Weller und Whitney Rome unterstützt. Jerry Espenson bekommt eine feste Rolle zugewiesen. Clarence Bell ist vom Assistenten zum Anwalt aufgestiegen. In der fünften Staffel wird das Kanzleiteam reduziert und Lorraine, Whitney und Clarence verlassen die Firma. Jerry gewinnt die Wahl zum Seniorpartner. Am Ende der Staffel geht die Kanzlei pleite, wird deshalb von der Zhu Corp. aufgekauft und in Chang, Poole & Schmidt umbenannt. Denny heiratet Alan und Carl Shirley während einer Doppelhochzeit in Nimmo Bay, vollzogen durch den Richter des obersten Bundesgerichts Antonin Scalia, der bereits kurz zuvor in einer Verhandlung mit Alan und Denny zusammengestoßen war und zufällig in Nimmo Bay Urlaub macht.
Fast jede Folge endet bei Scotch und Zigarre mit einem mehr oder weniger tiefsinnigen Dialog zwischen Alan Shore und Denny Crane auf dem Balkon von Dennys Büro zur „blauen Stunde“. Dabei werden oft die „Urteile“ der Folge rekapituliert und kommentiert. Ein Teil des Humors entsteht durch ihre grundverschiedenen Ansichten: Shore ist ein überzeugter Demokrat, während Denny Crane ein konservativer Republikaner ist. Während dieser letzten Minuten einer jeden Folge nehmen Crane und Shore aus ihrer ganz eigenen Sichtweise oft Stellung zu politischen und gesellschaftlichen Kontroversen der Zeit. Neben tagesaktuellen Themen, wie z. B. dem Hurrikan Katrina oder dem Irakkrieg, kommen auch „Dauerbrenner“, wie das amerikanische Waffengesetz, das US-Gesundheitssystem, Armut und Obdachlosigkeit sowie Abtreibung vor.