Am Ende der Edo-Periode im 19. Jahrhundert haben Außerirdische, die Amanto, in Japan die Macht ergriffen und das Tragen von Schwertern verboten. So kam es zum Niedergang der Samurai. Doch Gintoki Sakata (坂田 銀時) fühlt sich weiterhin den Idealen der Samurai verpflichtet und trägt ein (Holz-)Schwert. Weil er sein altes Leben nicht mehr fortsetzen kann bzw. will, beginnt er ein neues Leben als „jack of all trades“, wobei er für Geld fast alle Aufträge annimmt.
Auf seinen Reisen schließt sich ihm Shinpachi Shimura (志村 新八) an, ein Kellner, den Gintoki vor Amanto rettet. Auch die gefräßige Kagura (神楽), die von den Yakuza verfolgt wird, und von einem anderen Planeten stammt, stößt bald zu ihm.