Im Mittelpunkt der Serie steht der 14-jährige Danny Fenton, der durch einen Unfall mit einem Geisterportal zu einem Wesen wird, das halb Mensch und halb Geist ist, wobei er annähernd nach Belieben zwischen der Form als Mensch oder Geist wechseln kann. Seit diesem Unfall hat er es sich zur Aufgabe gemacht, als „Danny Phantom“ böse Geister zu bekämpfen. Einen kurzen Abriss der Geschehnisse bietet stets die Einleitungssequenz der Serie.
Seine Geisterkräfte sind nur seinen beiden besten Freunden Sam und Tucker bekannt. Im Verlaufe der Serie erfährt auch Dannys ältere Schwester Jazz sein Geheimnis, wovon er jedoch nichts weiß. Sehr erschwerend wirkt sich aus, dass seine Eltern Geisterjäger sind. Sie dürfen auf keinen Fall herausfinden, dass er zur Hälfte ein Geist ist. Im Laufe der Serie wird es sogar zu ihrem erklärten Ziel den sog. „Geisterjungen“ zu fangen, da sie nicht wissen, dass er ihr eigener Sohn ist.
In jeder Folge bekommen Danny und seine Freunde Probleme, die es zu lösen gilt.