TRON: Der Aufstand spielt zwischen den Ereignissen von Tron und Tron: Legacy. Nachdem Flynn den Encom-Mainframe verlassen konnte, fing er an, eine neue, digitale Welt zu erschaffen, den Raster (englisch: grid). Wie in Rückblenden in Tron: Legacy zu sehen, erschuf er ein Programm namens Clu, das genauso aussieht wie er und als sein Stellvertreter die perfekte Welt erschaffen sollte, während er seinen Verpflichtungen in der echten Welt nachging. Ein Programm namens Tron sollte dabei die Sicherheit aller Programme innerhalb des Rasters sicherstellen. Clu jedoch sah Flynn als Benutzer (englisch: User) als nicht perfekt an und wandte sich schließlich gegen ihn. Tron rettete Flynn vor Clu, wurde dabei jedoch schwer verletzt. Clu versucht seitdem, den Raster zu erobern und sich zum alleinigen Herrscher zu machen.