Die Serie spielt auf den „Millhouse-Inseln“ von „Illoka“, auf der die Inselbewohner, ohne den Gebrauch moderner Technologien, überleben. Ihre Hütten sind aus Bambus und farnartigen Gewächsen erbaut; ihre Nahrung besteht aus verschiedenen Früchten, die sie auf der Insel finden. Unter dem Ozean, der die Insel umgibt, liegt „Quetso“, die versunkene „Millhouse-Insel“ und nun das Zuhause vieler Meeresbewohner. Zu Beginn der Serie wird „Quetso“ von Flippers Eltern beherrscht.
Während der dritten Staffel erfahren Flipper und Lopaka, dass „Quetso“ vor langer Zeit, als König „Dextorian“ Neptuns Statue und dessen Dreizack an die Wasseroberfläche gebracht hatte, die Insel aus diesem Grund versunken war: Genau in dem Moment, als die Reliquien an die Oberfläche gelangt waren, war ein See-Vulkan ausgebrochen, sodass „Quetso“ wieder versunken und die Insel „Illoka“ entstanden war. Da sich immer noch beide Gegenstände in „Quetso“ befinden, müssen Flipper und Lopaka zumindest die Statue in einem Meeresgraben versenken, um zu verhindern, dass erneut eine derartige tektonische Verschiebung stattfinden kann.