Die Heldin Æon Flux lebt in dem Staat Monica, dem Nachbarstaat von Bregna. Beides sind im Jahr 7698 die letzten verbliebenen Lebensräume der Menschheit, die durch eine Umweltkatastrophe fast ausgelöscht wurde. Während Monica anarchisch ist, leben die Menschen in Bregna in einem Polizeistaat. Als Auftragskillerin, Geheimagentin und Terroristin geht sie häufiger über die Grenze und erledigt Mordaufträge. Ihr ständig wiederkehrender Erzfeind ist Trevor Goodchild, Herrscher des Staates Bregna und häufiger zugleich ihr Liebhaber.
Die einzelnen Folgen der ersten Staffel haben keinerlei Bezug zueinander. So kommt es mehrmals vor, dass Æon Flux getötet oder gefangen wird, in der nächsten Folge aber wieder auftaucht. Ab Staffel Zwei sind Bezüge vorhanden, und die Geschichten sind teilweise miteinander verwoben.