Fairy Tail spielt im fiktiven Earthland, eine Welt der Magie. Die Magie, mit der stets Handel betrieben wird, ist ein fester Bestandteil des Lebens der Einwohner. Neben den Händlern gibt es auch noch Menschen, die von der Magie leben, welche man als Magier bezeichnet. Magier gehören verschiedenen Gilden an, in denen sie Aufträge annehmen. In der Stadt Magnolia, die im Königreich Fiore liegt, residiert eine der stärksten Gilden des Landes, Fairy Tail.
Im Mittelpunkt der Handlung steht unter anderem Lucy Heartfilia, die von Zuhause fortläuft, um Fairy Tail beizutreten. Auf ihrem Weg trifft sie den Dragonslayer Natsu Dragonil, der auf der Suche nach seinem vor 7 Jahren verschwundenen Ziehvater, dem Drachen Igneel, ist. Sein Wegbegleiter ist eine fliegende blaue Katze namens Happy. Nachdem Natsu Lucy vor einem Magier, der sich als der Salamander ausgibt, rettet, und sich schließlich als der wahre Salamander offenbart, folgt sie ihm zu seiner Gilde Fairy Tail und tritt dieser bei.
Sie gründet ein Team mit Natsu und Happy, zu dem jedoch zeitweise auch der Eismagier Gray Fullbuster und die Waffenmagierin Elsa Scarlet gehören. Das Team um Lucy geht zusammen auf Missionen, um Geld zu verdienen, diese werden in der Regel von normalen Menschen ausgeschrieben (z. B. Monster jagen), trotzdem kommt es oft zu Kämpfen mit illegalen, den sogenannten dunklen, Gilden und anderen Bösewichten.