Ein weiterer Anime, der zum Kult geworden ist.
"Im Jahr 2029 sind viele Menschen Cyborgs, die ihren Körper ganz oder teilweise durch künstliche Implantate ersetzt haben. Sogar das Gehirn lässt sich bis auf einige wenige Zellen durch ein sogenanntes Cyberbrain ersetzen. Verpackt in einer Biokapsel (der sogenannten Shell) stecken in jedem Cyborg menschliche Gehirnzellen mit seinem Geist (Ghost), der Identität und seiner Persönlichkeit.
Umso bedrohlicher ist daher das Auftauchen eines unbekannten Hackers, der seinen Namen Puppetmaster (engl. für Puppenspieler) der Tatsache verdankt, dass er die Sicherheitsbarrieren der Shell überwinden und einen Ghost mit seinem künstlichen Körper kontrollieren kann. Seine Opfer verlieren ihre Identität und begehen Verbrechen für ihn oder seine unbekannten Auftraggeber.
Nachdem er staatstragende Persönlichkeiten unter seine Kontrolle gebracht hat und somit die Politik manipuliert, wird die Sektion 9 mit der Suche nach dem Puppetmaster beauftragt. Doch alle gefassten Personen haben keine Erinnerungen mehr an ihre Taten.
Major Motoko Kusanagi betrachtet diese Bedrohung sehr persönlich: Durch ihre Arbeit für die streng geheime Sektion 9, den Problembeseitigern des Innenministeriums, hat sie zwar einen hochmodernen Cyborg-Körper mit übermenschlichen Kräften, dagegen ist ihr Ghost, ihre Identität, ihr einzig verbliebenes Originalteil nicht ersetzbar. Kusanagi sucht für sich nach der Antwort nach dem Leben. Für sie selbst, in einem künstlichen Körper mit einem künstlichen Gehirn, ist sie kein echter Mensch mehr. Aber sie wurde überzeugt, immer noch einer zu sein.
Wie sich in den Ermittlungen herausstellt, ist der Puppetmaster ein Ghost, der aus unerklärlichen Gründen aus dem Netzwerk selbst entstanden ist. Er besitzt kein organisches Gehirn, das sich in einer Shell oder einem Körper befindet. Letztendlich findet Kusanagi eine Antwort und wird von Batou in einem anderen Körper reaktiviert, da ihre alte Shell zerstört wird."
