Ein junges Mädchen steht nachts in Shinjuku auf einem Hochhaus, ihr Name ist Glas Heart, ein Codename, den ihr die Verbrecherorganisation Zheng Dao Hui aus Taiwan gab. Sie gehört einer Elitetruppe namens Suzaku an, von denen insgesamt vier existieren, Byakko, Gembu, Suzaku und Qinglong. Da sie es nicht mehr ertragen kann, unschuldige Personen im Auftrag von Zheng Dao Hui zu ermorden, springt sie nach einem Anruf von ihrer Kontaktperson, die ihr zur Vollendung des 50. Auftrages gratuliert, vom Hochhaus und landet genau auf einem Zaun, der ihr Herz durchbohrt.
Zur gleichen Zeit ist Kaori Makimura unterwegs zu einem Treffen mit ihrem Verlobten Ryō Saeba. Auf dem Weg dorthin sieht sie ein Kleinkind, das auf einem Zebrastreifen wie angewurzelt stehen bleibt und fast von einem Lkw überfahren wird. Kaori schubst das Mädchen mit einem Hechtsprung aus dem Weg und wird selbst von dem Lkw angefahren. Kurze Zeit später wird sie für gehirntot erklärt und ihre Organe für Organspendezwecke entnommen. Ihr Herz wird aber von Zheng Dao Hui gestohlen um es Glas Heart zu transplantieren, da sie die als verschollen und tot geglaubte Tochter des Bosses der Organisation ist. Diese Tatsache weiß sie nicht und der Boss Li Jianqiang erfuhr selbst erst kurz vor ihrem Selbstmordversuch davon.
Ein Jahr später liegt Glas Heart nach wie vor im Koma. Man gibt sie langsam auf und will die lebenserhaltenden Maschinen abschalten, falls sie bis zu einer bestimmten Frist das Bewusstsein nicht wiedererlangt. Im Koma träumt Glas Heart immer wieder bestimmte Träume. Teilweise sieht sie ihre Aufträge, teilweise träumt sie von einer Person: Ryō Saeba. In ihr, oder besser gesagt durch Kaoris Gefühle für ihn, weckt sich das Verlangen ihn zu treffen. Kaori selbst "lebt" noch in Form ihrer Seele in ihrem Herz, welches nun Glas Heart implantiert wurde. Durch den Wunsch Ryō Saeba wieder zu treffen erwacht Glas Heart und macht sich auf die Reise von Taiwan nach Japan.
Währenddessen hat Ryō die Tätigkeit als City Hunter (ein weiteres Werk von Tsukasa Hōjō) aufgegeben und gibt sich aus Trauer über den Tod von Kaori dem Alkohol und den Frauen hin. Er erfährt per Zufall, dass das gestohlene Herz noch "lebt" und es nun in Glas Heart ist. Glas Heart, die gerade eben erst in Shinjuku angekommen ist, wird in eine Intrige der Qinglong-Abteilung von Zheng Dao Hui verwickelt. Sie wird beschuldigt, aus Rache ein Attentat an Boss Li Jianqiang verübt zu haben. Durch diese Intrige kommt es zu öffentlichen Unruhen in Shinjuku, da die Organisation auch dort einen Machtbereich hatte und man sich auf die Suche nach Glas Heart macht. Sie selbst hat sich, angetrieben von Kaoris Gefühlen, nur das Ziel gesetzt, Ryō zu finden. Beide treffen sich im Cat’s Eye, einem Café welches von einem alten Bekannten Ryōs Hayato Ijuin Umibōzu oder Falcon geführt wird.
Der Boss von Zheng Dao Hui lebt noch, denn nicht er, sondern sein Zwillingsbruder und Doppelgänger Li Qiande wurde erschossen. Er entsendet seine Elite Truppe Gembu, um die Verräter Qinglong zu exekutieren und hilft somit Ryō, der mit einer Handvoll Freunden Shinjuku vor einem Terroranschlag seitens Qinglong beschützen will und sich mit ihnen eine Schlacht, in einem vorher abgeriegelten Love-Hotel-Viertel von Shinjuku, liefert.
Li Jianqiang bittet Ryō danach, für Glas Heart eine Art Vaterfigur zu sein und sie wieder zu resozialisieren. Da sie durch das jahrelange strenge und erbarmungslose Training nicht mehr wie ein "normaler" Mensch denkt, sondern einer Maschine gleicht, die auf Töten programmiert wurde. Dies ist auch Glas Hearts Wunsch, die nach wie vor nicht weiß, dass sie die Tochter von Li Jianqiang ist. Von diesem Zeitpunkt an nennt sie Ryō, Ryō-papa. Kaori nennt sich weiterhin bis zu einem weiteren Traum nur Kaori, danach nennt sie auch sie Kaori-mama und sieht in beiden ihre wahren Eltern, da sie ihre tatsächlichen Eltern nie kennengelernt hat.
Ryō gibt Glas Heart den Namen Xiangying was im Chinesischen "Kaoris Herz" bedeutet und der auch ihr wahrer Name ist, den sie von Li Jianqiang bekam. Ryō nimmt seine Beschäftigung als City Hunter auf Wunsch von Li Jian Qiang wieder auf, da er entsetzt darüber war, dass Ryō damit aufhörte und er der Meinung ist, Shinjuku braucht City Hunter. Ryō und Xiangying erleben allerlei Abenteuer, dadurch gelingt es Xiangying, sich nach und nach immer mehr zu resozialisieren und mit ihrer Vergangenheit abzuschließen.
https://de.wikipedia.org/wiki/Angel_Heart_(Manga)
