ZitatDie Leiche von Major Bludd wird von der Polizei am Lincoln Memorial gefunden, mit einem Messer durch sein Herz.
Im Pazifischen Ozean fällt die USS Flagg, ein modifizierter Flugzeugträger, einem Saboteur zum Opfer. In lebenswichtigen Bereichen angebrachte Sprengstoffe zerstören fast alle an Bord befindlichen Waffen, Munition und Fahrzeuge und gefährden zusätzlich die Unversehrtheit des Schiffes ernsthaft. Ein Joe namens Bazooka war vor dem Angriff im Wachdienst getötet worden. Eine Autopsie enthüllt eine in Bazookas Mund versteckte Notiz, die enthüllt, dass der Attentäter Storm Shadow ist, ein ehemaliger Freund von Snake Eyes aus seiner Zeit als Ninja-Training. Nachdem Snake Eyes die versteckte Notiz der Schriftrolle gelesen hat, macht er sich auf den Weg, um sich Storm Shadow zu stellen und ihre Rivalität ein für alle Mal beizulegen.
Nachdem wiederholte Versuche, die Macht durch rohe Gewalt zu übernehmen, gescheitert sind, entwickelt Cobra Commander einen neuen Plan, um Cobras finanzielle Investitionen zurückzugewinnen und gleichzeitig die Kontrolle über die Weltmacht zu erlangen. Der Plan beginnt mit der Beschlagnahme des High Frequency Active Auroral Research Program Array (HAARP), das die Ionosphäre überhitzt. Anschließend werden Hunderte von Raketen mit solarbetriebenen Stratelliten in eine erdnahe Umlaufbahn geschossen und bilden ein ganzes Netzwerk direkt unterhalb der Ionosphäre, das es Cobra ermöglicht, ein weltweites Kommunikationsnetzwerk zu unterhalten. Schließlich wird in einem stillgelegten Atomraketensilo in Sibirien ein Prototyp einer Teilchenstrahlwaffe enthüllt.
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