Um 1630, zehn Jahre nachdem die Mayflower mit den ersten Siedlern an Bord im amerikanischen Plymouth anlegte, findet auf einer Plantage in Neuengland ein Kirchenprozess gegen den Neuankömmling William und seine Familie statt. Nach einem kurzen Prozess werden sie aus der puritanischen Gemeinde ausgestoßen. Der strenggläubige William war gerade erst mit seiner Frau und seinen fünf Kindern in der Neuen Welt angekommen, lässt sich aber von der Ausstoßung nicht erschüttern. Die Familie, bestehend aus William, seiner Frau Kathrine, der ältesten Tochter Thomasin, ihrem jüngeren Bruder Caleb, den Zwillingen Mercy und Jonas sowie Samuel, dem jüngsten Spross, macht sich auf die Suche nach einem Ort für einen Neuanfang, und nach einer kurzen Reise finden sie am Rande eines großen Waldes ein neues, scheinbar ruhiges Zuhause, wo sie wortgetreu nach der Bibel leben wollen.
William versucht, sich hier eine Existenz aufzubauen. Die Familie betreibt eine Landwirtschaft und baut Mais an. Der ausgesprochen triste Alltag der Familie besteht schon bald nur noch aus Beten und Arbeiten. Der Glaube des gottesfürchtigen William wird bald durch einige unerklärliche Ereignisse und eine Reihe von Unglücksfällen auf eine harte Probe gestellt, die sich auf der kleinen Farm und im nahe gelegenen Wald abspielen. Obwohl ihr Leben entbehrungsreich und ihre Arbeit hart ist, droht der nahende Winter die Ernte in Gefahr zu bringen, weil eine Krankheit die Pflanzen befallen hat und den Mais verdirbt. Auch das Vieh verhält sich zunehmend seltsam, allen voran ihr Ziegenbock „Schwarzer Phillip“. Dann verschwindet auch noch Samuel, das jüngste Kind, wie von Geisterhand vor den Augen der ältesten Tochter Thomasin, während die beiden im Wald spielen. Es wird gezeigt, dass eine im Wald lebende Hexe ihn an sich genommen, getötet und aus seinem Blut eine Hexensalbe hergestellt hat, mit welcher sie sich einreibt. Die Familie beginnt den Jungen zu suchen, jedoch ohne Erfolg. Caleb bemerkt verstärkt sein Interesse an Frauen.
Nach einigen Tagen geht William heimlich mit Caleb in den Wald, um eine Wolfsfalle aufzustellen. Dabei treffen sie auf einen Hasen, der still dasitzt und die beiden ansieht. William zielt mit seiner Büchse auf ihn, der Schuss geht jedoch nach hinten los und das Pulver trifft Williams Gesicht.
Die Kinder hören nachts ein Gespräch ihrer durch Armut und den Verlust des Säuglings verzweifelten Eltern mit und Thomasin erfährt, dass ihre Mutter sie als Haushaltshilfe zu einer anderen Familie schicken will und ihr Vater den Plan ausführen soll.
Caleb sattelt daraufhin am frühen Morgen das Pferd, um jagen zu gehen und so seine Schwester zu retten. Thomasin erwischt ihn dabei und droht, die Eltern zu wecken, wenn er sie nicht mitkommen lässt.
Zusammen mit dem Hund machen sie sich auf den Weg. Im Wald reagieren die Tiere verängstigt, das Pferd geht durch, der Hund kommt auf mysteriöse Weise zu Tode. Thomasin wird schließlich vom Pferd geworfen und verliert das Bewusstsein. Caleb entdeckt eine Waldhütte, die ihn gleichzeitig verängstigt und anzieht. Dort wird er von der Hexe in Gestalt einer jungen Frau verführt. Thomasin erwacht und findet – von den Rufen ihres Vaters geleitet – den Weg zurück zu ihrer Familie. Caleb kehrt am Abend nackt und in einem Delirium zurück, was seine Mutter zu der Annahme bringt, dass er verhext worden sei. Zusammen versuchen sie und der Rest der Familie mehrfach das Vaterunser für Caleb zu sprechen, welcher jedoch, kurz nachdem er seine Liebe für Jesus Christus erklärt, stirbt.
Kurz vor seinem Tod beschuldigen die Zwillinge Thomasin, eine Hexe zu sein, was diese jedoch bestreitet und als früheren Jux bezeichnet. Nach dem Tod Calebs erklärt Thomasin stattdessen ihrem Vater, dass die Zwillinge möglicherweise im Bund mit dem Teufel, in Gestalt des Schwarzen Phillips, stehen, da sie zuvor angaben, dieser spräche zu ihnen. Vater William hat genug und sperrt Thomasin und die Zwillinge zusammen mit den Ziegen im Stall ein. In der Nacht sehen die drei Geschwister, wie die Hexe, welche in den Stall eingedrungen ist, sich am Blut der Ziegen sättigt.
Am nächsten Tag findet William den Stall völlig zerstört vor. Die Zwillinge sind verschwunden, die Ziegen – bis auf den Schwarzen Phillip – tot, und Thomasin liegt mit blutverschmierten Händen und bewusstlos auf dem Boden. Plötzlich rast der Schwarze Phillip auf William zu und spießt ihn mit seinen Hörnern auf. Er schleudert ihn gegen einen Stapel Holzscheite, welche ihn begraben. Kurz danach kommt Katherine aus dem Haus und sieht ihren toten Mann und die blutverschmierten Hände von Thomasin. Im Glauben, Thomasin hätte ihren Mann ermordet, versucht sie diese zu erwürgen, wird jedoch im letzten Moment von dieser mit einem herumliegenden Messer niedergestreckt.
Thomasin betritt am Abend den zerstörten Stall und spricht zum Schwarzen Phillip. Nach einigen Augenblicken antwortet ihr dieser in Menschengestalt und bietet ihr alles, was sie auf der Welt möchte, wenn sie ihren Namen in sein Buch eintrüge. Thomasin stimmt zu und läuft kurz danach mit ihm, der jetzt wieder Ziegengestalt angenommen hat, nackt in den Wald. Dort findet sie einen Coven nackter Frauen vor, welche um ein großes Lagerfeuer einen Hexensabbat abhalten. Sie beginnen, eine nach der anderen, in die Luft aufzusteigen und zu schweben, zuletzt auch Thomasin, welche jetzt ihre Verwandlung zur Hexe vervollständigt hat.