Der Film beginnt damit, dass Polizisten versuchen, eine junge Frau festzunehmen. Sie kann jedoch durch scheinbar übernatürliche Kräfte – extrem schnelle Kampfbewegungen – entkommen. Auf ihrer Flucht wird sie von mit der Polizei zusammenarbeitenden „Agenten“ in grauen Anzügen verfolgt, die ähnliche Fähigkeiten wie sie haben. Die Frau flüchtet in eine Telefonzelle, die einen Moment später von einem Agenten mit einem Lkw zerquetscht wird. Sie ist jedoch nicht in den Trümmern zu finden.
Der junge Hacker Neo erhält eine geheimnisvolle Botschaft auf seinem Computer, wonach er „dem weißen Kaninchen folgen“ soll (ein Zitat aus Alice im Wunderland[1]). In diesem Moment klopft Choi, ein Bekannter von Neo, an die Tür, um ihm einen Datenträger abzukaufen. Choi ist mit einer Gruppe auf dem Weg in eine Disco und fordert Neo auf, sich ihnen anzuschließen. Neo lehnt zunächst ab, bis er erkennt, dass eine der Frauen eine Tätowierung in Form eines weißen Kaninchens trägt.
In einer Disco trifft Neo auf die Frau aus dem Vorspann, die sich als die polizeilich gesuchte Hackerin Trinity zu erkennen gibt. Sie warnt ihn vor bevorstehender Gefahr. Am nächsten Morgen wird Neo bei seiner Arbeit als Software-Entwickler von einem geheimnisvollen Fremden namens Morpheus angerufen, während die Agenten an Neos Arbeitsplatz auftauchen und nach ihm suchen. Morpheus zeigt ihm einen Fluchtweg über die Außenfassade des Bürohochhauses. Der Weg ist Neo aber zu gefährlich; er wird verhaftet. Ein Agent, Mr. Smith, verhört Neo und wirft ihm zahlreiche Cyberverbrechen vor. Neo erhält ein Amnestieangebot, sofern er den Agenten Morpheus ausliefere, der ein gefährlicher Terrorist sei. Als Neo sich weigert, wird ihm in einer surrealen Szene ein spinnenförmiges Gerät in den Bauch eingepflanzt. Im nächsten Moment wacht er zu Hause wie aus einem Albtraum auf.
Neo trifft sich erneut mit Trinity, die sich als Verbündete von Morpheus zu erkennen gibt. Auf der Fahrt zu Morpheus entfernt sie das spinnenförmige Gerät aus Neos Körper, das sich als Abhörwanze herausstellt und ihm zur Positionsbestimmung und Überwachung eingepflanzt wurde. Morpheus erklärt Neo, dass die Welt, in der er zu leben glaubt, lediglich eine Simulation ist und er nur ein gefangener Sklave in dieser computergenerierten Traumwelt, der Matrix, sei. Er bietet ihm die Befreiung daraus an und stellt ihn vor die Wahl, durch Einnahme einer blauen Pille wieder in sein bisheriges Leben zurückzukehren oder durch Einnahme einer roten Pille die Wahrheit über die Matrix zu erfahren. Neo entscheidet sich für die rote Pille und erwacht nach einer kurzen Prozedur in der Realität: Sein echter Körper befindet sich in einer Art Brutkasten in einer riesigen Zuchtanlage für Menschen. Er wird aus dem Brutkasten gespült und anschließend von einem Hovercraft-Schiff gerettet, das von Morpheus befehligt wird. Während Neo im Koma liegt, wird sein verkümmerter Körper langsam regeneriert.
Nach einiger Zeit erzählt ihm Morpheus den Hintergrund der aktuellen Lage: Die Menschheit verlor vor langer Zeit, vermutlich zu Beginn des 21. Jahrhunderts, einen Krieg gegen von ihr selbst erschaffene Maschinen mit künstlicher Intelligenz. Gegen Ende des Krieges verdunkelten die Menschen den Himmel, um die Maschinen an der Sonnenenergiegewinnung zu hindern und so auszuschalten. Die Maschinen reagierten jedoch, indem sie menschliche Körper zur Energiegewinnung nutzten, und entwickelten die Computersimulation der Matrix, um die bewusstlosen Menschen unter Kontrolle zu halten. Ernährt werden diese unter anderem mit den aufgelösten Leichen der Verstorbenen. Die Agenten in der Matrix sind Schutzprogramme, die gegen menschliche Revolutionäre wie Morpheus und Trinity vorgehen, die sich durch Telefonleitungen in die Matrix hacken, um Menschen zu befreien. Dies ist gefährlich, da man, sofern man in der Matrix zu sterben glaubt, auch in Wirklichkeit stirbt. Laut Morpheus handelt es sich bei Neo um den „Auserwählten“, der laut des ominösen Orakels die Matrix bezwingen wird.
Neo wird an Bord des Schiffes, der Nebuchadnezzar, für den Kampf in der virtuellen Realität der Matrix ausgebildet. Dazu werden ihm mithilfe von Speichermodulen verschiedene Fähigkeiten und Kampfkünste beigebracht. Morpheus lehrt ihn, dass in der Scheinwelt der Matrix physikalische Gesetze durch reine Willenskraft gebeugt oder sogar gebrochen werden können. Als Neo von Morpheus einige Zeit später zum Orakel in der Matrix gebracht wird, wird ihm gesagt, dass Neo nicht der Auserwählte sei, aber sich Morpheus eines Tages in seiner Überzeugung für ihn opfern werde. Des Weiteren fügt das Orakel an, dass Neo „die Gabe“ zwar in sich trage, jedoch noch auf etwas warte, wie beispielsweise sein nächstes Leben.
Auf dem Rückweg vom Orakel wird Morpheus durch den Verrat eines seiner Crewmitglieder (Cypher) von Agent Smith in der Matrix gefangen genommen und drei Mitglieder der Crew werden vom Verräter getötet, bevor dieser selbst den Tod findet. Während die Agenten Morpheus foltern, um in den Besitz des geheimen Zugangscodes für die letzte freie Stadt der Menschheit Zion zu gelangen, begeben sich Neo und Trinity zu einem Befreiungsversuch erneut in die Matrix und dort in das Gebäude, wo Morpheus festgehalten wird. Derweil hat Smith die anderen Agenten aus dem Verhörraum geschickt und seine Kopfhörer abgelegt, wodurch ihm das Eindringen von Trinity und Neo entgeht. Smith offenbart Morpheus, dass er hoffe, nach der Vernichtung der restlichen Menschheit nicht mehr benötigt zu werden und somit der Matrix zu entkommen, derer er überdrüssig sei.
Nach dem geglückten Befreiungsversuch entkommen Morpheus und Trinity aus der Matrix, aber Neo wird durch Mr. Smith an der Flucht gehindert. Inzwischen greifen Roboter, sogenannte Wächter, die Nebuchadnezzar an. Die Benutzung eines EMP als einziges mögliches Mittel würde auch Neo töten, da er noch mit der Matrix verbunden ist. Deshalb beschließen sie, zu warten, bis Neo es zurück schafft, während die Roboter immer weiter in das Schiff vordringen. Nach einer Verfolgungsjagd und einem harten Kampf wird Neo von Agent Smith erschossen. Trinity ist wegen einer Prophezeiung des Orakels jedoch davon überzeugt, dass Neo lebt, da ihr offenbart wurde, sie würde sich in den Auserwählten verlieben. Sie gibt Neos Körper an Bord der Nebuchadnezzar einen Kuss: „Das Orakel hat mir gesagt, dass der Mann, den ich liebe, der Auserwählte ist. Du kannst also unmöglich tot sein!“ Neo erwacht daraufhin mit neuen Fähigkeiten. Er kann den Code der Matrix nun deutlich sehen und mit seinen Gedanken frei manipulieren. So kann er zum Beispiel Kugeln einer Pistole mit seinen Gedanken im Flug aufhalten, indem er nur die Hand hebt. Nach einem kurzen ungleichen Kampf, in dem Neo seinen Gegner Agent Smith souverän beherrscht, dringt er in dessen Körper ein und zerstört ihn von innen. Er kehrt schließlich gerade rechtzeitig zurück, sodass der EMP gefahrlos betätigt und die Wächter zerstört werden können.
Gegen Ende des Films befindet sich Neo in der Matrix und erklärt, die in der Matrix gefangenen Menschen befreien zu wollen, bevor er sich nach Art von Superman in die Lüfte erhebt.
https://de.wikipedia.org/wiki/Matrix_(Film)
Die Fortsetzungen:
Matrix Revolutions (2003)
The Matrix Resurrections (2021)
