Zoids: Chaotic Century ist die erste Zoids-Animeserie und besteht aus Chaotic Century und Guardian Force. Sein Setting basiert lose auf dem von Battle Story und folgt Van Flyheight, als er ein amnesische Mädchen namens Fiona und ein Organoid namens Zeke trifft. Im Verlauf der Serie trifft Van auf verschiedene Gegner wie Raven und Freunde wie Moonbay und Irvine und hilft schließlich Fiona bei ihrer Suche nach ihrem Gedächtnis und der Suche nach einem mysteriösen Wesen namens "Zoid Eve". Ihre Suche führt sie mitten in einen andauernden Krieg zwischen den beiden Fraktionen der Helic Republic und dem Guylos-Imperium.
In den USA ist die Geschichte von Chaotic Century in zwei Staffeln aufgeteilt, mit einem Zeitsprung in der Mitte. In Japan gilt Guardian Force als die zweite Reihe. Drei bis vier Jahre nach dem ersten Handlungsbogen ("Chaotic Century") beginnt die zweite Geschichte (Guardian Force). Die beiden kriegführenden Nationen, die im ersten Bogen zu sehen waren, haben Frieden geschlossen, und um sicherzustellen, dass er bleibt, bilden sie eine gemeinsame militärische Task Force namens Guardian Force. Van wird Teil dieser Kraft und macht sich nach einiger Zeit wieder auf die Suche nach dem schwer fassbaren Zoid Eve. Unterwegs trifft er auf alte und neue Freunde und Feinde....