Der Schüler Jinta Yadomi (宿海 仁太, Yadomi Jinta) besucht seit einiger Zeit nicht mehr die Schule und beginnt, seine Kindheitsfreundin Meiko Honma (本間 芽衣子, Honma Meiko), die er kurz als Menma bezeichnet, zu sehen. Doch diese ist lange zuvor gestorben und Jintan, wie er von ihr genannt wird, wird deshalb von vielen Bewohnern aus der Nachbarschaft für verrückt gehalten. Menma ist sich bewusst, dass sie bereits tot ist, hat aber ihren kindlichen Intellekt behalten und reagiert entsprechend immer wieder recht naiv. Jinta versucht unterdessen, ihr den Aufenthalt so angenehm wie möglich zu gestalten. So schläft er beispielsweise nicht in seinem eigenen Bett, das er ihr freigemacht hat, oder kocht ihr Lieblingsessen. Ebenfalls in dem Haus wohnt sein Vater, der jedoch das seltsame Verhalten seines Sohnes komplett zu verdrängen scheint. So ist er stets gut gelaunt und scheint alles bedingungslos zu akzeptieren. Jinta jedoch wünscht sich regelrecht, dass sein Vater ihn nicht einfach so gewähren ließe. Dennoch hält er sich aus Rücksicht zurück, da er weiß, wie schwer es auch sein Vater nach dem Tod von Jintas Mutter hat. Sie verstarb einige Zeit nach Menma an körperlicher Schwäche.
Seine Kindheitsfreundin Naruko Anjō (安城 鳴子, Anjō Naruko) besucht Jinta; sie empfindet sein Verhalten zwar auch als sehr merkwürdig, fühlt sich aber dennoch zu ihm hingezogen, weshalb sie ihn auch nach all den Jahren nicht völlig aufgibt. Naruko, die von ihren Freunden immer wieder Anaru genannt wird, versucht daher Jinta dazu zu bringen, wieder die Schule zu besuchen. Jedoch scheitern die meisten Versuche, da Jinta sich einfach nicht mehr zugehörig fühlt und dadurch nicht Fuß fassen kann. Anaru selbst ist ihm dabei zunächst auch keine sehr große Hilfe, da sie sich in der Schule mit Freundinnen umgibt, die oberflächlich sind, Jinta ablehnen und Anaru nicht beistehen, wenn sie Hilfe braucht. Der einst immer im Schatten von Jinta stehende Freund Atsumu Matsuyuki (松雪 集, Matsuyuki Atsumu, Spitzname: Yukiatsu) besucht mittlerweile eine höhere Schule und zeigt sich ihm gegenüber herablassend und abweisend. Auf dieselbe Schule geht ebenfalls Chiriko Tsurumi (鶴見 知利子, Tsurumi Chiriko, Spitzname: Tsuruko). Seit ihrer Kindheit hat sich die eher schüchterne Tsuroko zu einer sehr aufmerksamen, aber auch extrem ernsthaften und kühlen Persönlichkeit entwickelt. So steht sie weder Jinta noch Yukiatsu bei und versucht sich aus allem möglichst herauszuhalten.
Ein erster Lichtblick für Jinta ist das Auftauchen von Tetsudō Hisakawa (久川 鉄道, Hisakawa Tetsudō), des sechsten Freundes aus seiner Kindheit. In seiner Kindheit bewunderte Poppo, so wie er immer noch genannt wird, Jinta sehr und sah in ihm ein Vorbild. Mittlerweile ist der einst sehr dünne und kleine Junge groß und kräftig. Jedoch denkt er nicht sonderlich weit voraus und schlägt sich als Reisender und Teilzeitarbeiter durch die Welt. So befand er sich für lange Zeit auf Reisen im Ausland und kam nur selten nach Japan zurück, wo er dann in der Hütte übernachtete, in der sie sich als Kinder oft getroffen hatten. Er ist der erste, der versucht die einstigen Freunde wieder zu vereinen, da er Jinta glaubt, dass er Menma sieht und es ihr Wunsch sei, dass sich alle so wie früher erneut treffen und ihre Streitigkeiten beilegen können. Also bringt Poppo Jinta dazu, Anaru zu Hause zu besuchen. Beim Spielen einiger alter Videospiele kann Anaru einen Teil ihrer Abneigung gegenüber Jinta ablegen und Jinta wird überzeugt, wieder die Schule zu besuchen.
Anaru geht an einem Abend mit ihren Freundinnen zu einer Karaokeparty und verlässt diese vorzeitig in Begleitung eines Mannes. Dieser wollte sie in ein Love Hotel führen. Mit Hilfe von Yukiatsu kann sie ihm entkommen. Als Anaru sich bei ihm bedankt, gesteht sie ein, ein gewisses Interesse an Jinta zu haben, was ihren Erretter verärgert. Der Vorfall bleibt nicht unbemerkt und in der Schule verbreitet sich das Gerücht, Anaru würde sich prostituieren. Jinta, der gerade den ersten Tag in der Schule ist, nimmt sie in Schutz und beide müssen den Unterricht verlassen. Anaru traut sich nicht mehr nach Hause, da sie die Reaktion ihrer Eltern fürchtet. Sie beschließt stattdessen in die alte Hütte bei Poppo einzuziehen. Dort überlegen sie sich, wie sie Yukiatsu und Tsuruko dazu bringen könnten, sich ebenfalls dort wieder zu treffen. Schließlich veranstalten sie einen Grillabend in der Hütte, zu der auch Yukiatsu und Tsuruko erscheinen. Während der Feier eröffnet Yukiatsu den anderen, dass auch er Menma sehen kann. Als er aber anscheinend eine andere sieht als Jinta, rennt die Gruppe der Gestalt im Wald hinterher. Als sie sie finden, ist es Yukiatsu selbst, der sich als Menma verkleidet hat. Auch er war, wie Jinta, in Menma verliebt und kam über ihren Tod nicht hinweg.
Jinta, Poppo und Anaru wollen weiterhin herausfinden, wie sie Menma helfen können, und besuchen ihre Eltern. Menmas Mutter trauert ihrer Tochter noch immer nach und ist Menmas früheren Freunden feindlich gesinnt. Sie ist wütend, da trotz Menmas Tod ihre Freunde anscheinend weiterleben wie zuvor. Dennoch gibt sie ihnen Menmas Tagebuch. In diesem lesen die drei davon, dass Menma sich auf das Feuerwerk gefreut hatte, das sie als Freunde selbst machen wollten. Doch ist ihnen dies nie gelungen. Daher beschließen sie, den Versuch zu wiederholen, sodass Menma in den Himmel kann. Jinta beginnt hart zu arbeiten und sich Geld für das selbstgemachte Feuerwerk zu verdienen. Auch Poppo und Anaru wollen etwas beisteuern. Doch der von ihnen angefragte Feuerwerker muss ablehnen. Menmas Mutter hatte vom Vorhaben der Freunde erfahren und über ihren Mann verhindert, dass ihnen geholfen wird.
Yukiatsu und Tsuruko stehen dem Plan der drei Freunde skeptisch gegenüber und wollen nicht dabei helfen. Als er nicht gelingt, will auch Anaru aufgeben. Sie glaubt nicht wirklich, dass Menma noch als Geist unter ihnen ist. Da beschließt Menma, allen Freunden ihre Existenz zu beweisen und lädt sie in die Hütte ein. Hier schreibt sie ihnen in ihr Tagebuch Nachrichten, sodass schließlich alle an sie glauben. Mit neuem Mut und Gesprächen mit Menmas Vater und ihrem mittlerweile jugendlichem Bruder gelingt es, dass der Feuerwerker ihnen hilft. So bauen die Freunde, unter seiner Anleitung und Hilfe, ihr eigenes Feuerwerk und brennen dieses ab. Auch Menmas Bruder ist dabei, der die ständige Trauer seiner Mutter leid ist.
Doch entgegen den Erwartungen verschwindet Menma nach dem Feuerwerk nicht. Die Freunde sind verärgert oder ratlos. Es kommt zu einem großen Streit und schließlich gestehen sich alle die gegenseitigen Gefühle ein. Poppo wollte das Menma ihm vergibt, denn er hat ihren Tod mitangesehen, wie sie von der Strömung mitgerissen wurde. Tsuruko war stets verzweifelt, weil sie in Yukiatsu verliebt ist. Doch dieser dachte nur an Menma und sah – wenn überhaupt – nur Anaru als ihren „Ersatz“. Jinta war sich selbst unsicher, ob Menma nicht bei ihm bleiben sollte, und Yukiatsu war nun nicht nur über Menmas Tod und seine unglückliche Liebe verzweifelt, sondern auch eifersüchtig, da sich ihr Geist allein Jinta zeigt. Als sie sich miteinander ausgesprochen und ausgesöhnt haben, verschwindet Menma tatsächlich, zeigt sich aber zuvor noch ihren Freunden und verabschiedet sich von ihnen.