Ein Zoanoid vom Testtyp entkommt der Cronos Corporation mit drei Guyver-Einheiten. Cronos-Soldaten verfolgen den Testtyp in einige Wälder, um die Einheiten von ihm zu bergen, aber als sie den Testtyp in die Enge treiben, zündet er eine Bombe, die er bei sich hatte. Die Guyver-Einheiten werden in der Explosion zerstreut. Eine der verlorenen Guyver-Einheiten, bekannt als "Einheit I", landet in der Nähe von zwei jungen Gymnasiasten, Shō Fukamachi und Tetsurō Segawa. Der zweite wird von Cronos geborgen und verschmilzt mit Oswald A. Lisker, um später der zweite Guyver zu werden. Die letzte Einheit fällt in die Hände von Agito Makishima, der zu einem unbestimmten Zeitpunkt mit ihr verschmilzt. Shō aktiviert versehentlich die Einheit, die dann schmerzhaft mit ihm verschmilzt.
Im Laufe der Zeit lernt Shō mehr über den Guyver und seine Fähigkeiten. Der Guyver ist praktisch unverwundbar, sein einziger Schwachpunkt ist der Control Metal. Wenn dieser Teil intakt ist, kann er den Host aus den darin gespeicherten Daten wiederherstellen, aber wenn dieser Teil ernsthaft beschädigt wird, wird der Host von der Einheit lebendig gefressen und stirbt. Dies ist beunruhigend und Shō beginnt sich zu fragen, ob er jemals frei von Guyver sein wird. Die Situation verschlimmert sich mit der Tatsache, dass Cronos ständig mehr und mächtigere Zoanoiden schickt, um den Guyver zu bergen. Dies macht es für Shō immer schwieriger, seine verletzlichen Freunde zu beschützen.
Im weiteren Verlauf nimmt die Geschichte auch eine überraschende Wendung, in der es Cronos gelingt, die Welt zu erobern und nach ihren Idealen umzugestalten. Die Guyvers werden dann in der Öffentlichkeit als "Vorhut außerirdischer Invasoren" bezeichnet.