Der zwölfjährige Conor O’Malley lebt in England bei seiner schwerkranken Mutter, zu der er eine sehr enge Bindung hat. Sie muss regelmäßig für einige Tage zur Therapie ins Krankenhaus. Während sie sich von den Strapazen dieser Aufenthalte erholt, kümmert Conor sich um den Haushalt. Auch ihre Mutter, Conors Großmutter, kommt dann öfters vorbei. Sie deutet ihm gegenüber an, dass er nach dem Tod seiner Mutter bei ihr leben werde, was Conor auf keinen Fall will, da sie ihn lieb- und respektlos behandelt. An der Schule gilt Conor als Träumer und wird von seinem sadistischen Mitschüler Harry und dessen Freunden regelmäßig verprügelt. Obendrein wird Conor immer wieder von einem Albtraum geplagt, in dem die alte Kirche in der Nähe seines Hauses einstürzt und in ein sich auftuendes Loch fällt, in das jemand hinabzustürzen droht, und er sich bemüht, diese Person festzuhalten. Conor versucht seine Gefühle zu verarbeiten, indem er zeichnet – ein Talent, das er von seiner Mutter geerbt hat.
Als er eines Nachts, exakt um sieben Minuten nach Mitternacht, wieder aus dem Albtraum erwacht, hat sich eine große Eibe auf dem Friedhofshügel neben der Kirche, den er durch sein Fenster hindurch sehen kann, plötzlich in ein knorriges Monster verwandelt, das bis in den Garten vor Conors Zimmer kommt und mit ihm spricht. Es sagt Conor, es kenne ihn besser als er sich selbst, und dass er ihm bei den nächsten Treffen drei Geschichten erzählen werde. Anschließend soll Conor im Gegenzug den Albtraum erzählen, der seine Wahrheit beinhalte.
In der ersten Geschichte, die das Monster erzählt, flüchtet ein Prinz mit seiner Braut vor seiner Stiefmutter, der bösen Königin, tötet aber unter der Eibe die schlafende Braut, damit das Volk die Königin beschuldigt, sie davonjagt und er zum König wird. Es soll Conor lehren, dass die Menschen nicht nur gut oder böse, sondern etwas dazwischen sind. Das ist offenbar auf seine Großmutter gemünzt.
Da die Therapie bei ihr nicht anschlägt, muss seine Mutter für einige Tage ins Krankenhaus, während Conor solange zu seiner Großmutter ziehen muss. Sein Vater, der mit seiner neuen Familie in Los Angeles lebt, kommt zu Besuch. Mit ihm verlebt er beim Besuch eines Rummelplatzes einen glücklichen Tag. Der Vater lädt ihn ein, ihn an Weihnachten in Los Angeles zu besuchen, nimmt Conor aber zugleich die Hoffnung, bei ihm dauerhaft leben zu können.
Nachdem er aus Wut die wertvolle Uhr seiner Großmutter beschädigt hat, erscheint das Monster und erzählt die zweite Geschichte: Ein hartherziger Pfarrer verbietet einem in der Baumhöhle der Eibe lebenden Naturheiler, diese zu fällen, um mit der aus ihr gewonnenen Medizin den Menschen helfen zu können. Erst als seine eigenen Kinder todkrank sind, will er ihm jeden Wunsch erfüllen, doch der Heiler hilft ihm nun nicht. Das Baummonster beginnt, das Haus des Pfarrers zu zerstören, und Conor macht mit zunehmender Begeisterung mit. Als er schließlich zu sich kommt, steht er im Wohnzimmer seiner Großmutter und sieht, dass er das ganze Mobiliar kaputtgeschlagen hat. Diese ist darüber verbittert, bestraft Conor aber nicht.
Als es Conors Mutter immer schlechter geht, versuchen die Ärzte eine letzte Therapie mit einem aus Eibenholz hergestellten Mittel. Als Conor dies hört, fleht er das Monster an, seine Mutter gesund zu machen. Dieses sagt aber, dass dies nicht seine Aufgabe sei. In der Schule sagt Harry zu Conor, dass er ihn nicht mehr belästigen wolle, und dieser nun für ihn unsichtbar sei. Daraufhin erzählt ihm das Monster die Geschichte eines unsichtbaren Mannes, der dies aber nicht sein wollte. Mit Unterstützung des Monsters stürzt sich Conor auf Harry und schlägt ihn krankenhausreif. Die Schulleiterin sagt ihm, dass sie ihn eigentlich der Schule verweisen müsste, aber auch sie verzichtet angesichts von Conors Situation zu dessen Verwunderung auf eine Bestrafung.
Conor erfährt von seiner Mutter, dass sie sterben wird. Er läuft zu der Eibe; das Monster zwingt ihn, seinen Albtraum nochmal zu erleben, bei dem die Mutter nun abstürzt. Conor gesteht, dass er schon lange ahnte, dass seine Mutter die Krankheit nicht überleben würde, und er insgeheim hoffte, dass sie bald sterben würde, was ihm Schuldgefühle bereitete. Das Monster erklärt ihm, dass er nicht den Tod seiner Mutter wünschte, sondern nur das Ende seines eigenen Leidens, was aber sehr menschlich sei.
Die Großmutter findet Conor schlafend unter der Eibe und fährt mit ihm in die Klinik. Als sie mit dem Auto an einer Bahnschranke warten müssen, versöhnt er sich mit ihr. Im Krankenhaus umarmt Conor seine Mutter ein letztes Mal und sagt ihr – vom ebenfalls anwesenden Monster aufgefordert, ihr die richtige Wahrheit zu sagen –, dass er nicht wolle, dass sie stirbt. Conor zieht zu seiner Großmutter, die ihm liebevoll ein eigenes Zimmer eingerichtet hat. Auf dem Tisch liegt ein Buch mit Zeichnungen seiner Mutter vom Monster und seinen Geschichten.