Der 9-jährige (traditionelle Zählweise: 10 Jahre) Negi Springfield, ein Magier aus Wales, wird zum Abschluss seiner Ausbildung auf der Magier-Akademie mit einem besonderen Auftrag nach Japan geschickt: Er soll an einer Mädchenschule Englisch unterrichten. Nur nach erfolgreicher Durchführung dieser Aufgabe kann er ein Magister Magi (Meister der Magie) werden wie sein Vater. Dieser gilt als der berühmteste Magier der Welt und gilt seit zehn Jahren als verschollen. Negis stärkster Antrieb ist die Suche nach seinem Vater. In Japan angekommen, muss er sich mit 31 Mädchen im Alter von 13 bis 15 Jahren herumschlagen, die ihn zwar süß finden, aber zumindest zu Beginn wenig Respekt zeigen. Dazu kommt, dass er seine Magie verheimlichen muss, weil ihm sonst seitens der Magier eine empfindliche Strafe droht: die (zumindest zeitweise) Verwandlung in einen Hermelin. Trotz all seiner Bemühungen entdecken immer mehr Mädchen sein Geheimnis; allerdings findet er in ihnen Verbündete im Kampf gegen Feinde, die im Laufe der Geschichte auftauchen und ihm das Leben schwer machen.
Im Laufe der Geschichte schließt Negi mit mehreren Mädchen sogenannte Partnerschaften (Pactio), welche die Mädchen in die Lage versetzen, mit magischen Gegenständen (Artefakten) an seiner Seite zu kämpfen. Da der Pactio in diesem Fall durch einen magischen Zirkel und einen Kuss besiegelt wird, kommt es immer wieder zu Missverständnissen. Zudem besitzt die Klasse eine Vampirin mit dem Namen Evangelin, einen Roboter, einen Ninja mit dem Namen Kaede, eine Han'yō und einen Zeitreisenden vom Mars; lauter ungewöhnliche Schüler.
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