Gymnasiast Taiju Ōki (大木 大樹 Ōki Taiju) ist seit fünf Jahren in Yuzuriha (小川 杠 Ogawa Yuzuriha) verliebt. Doch gerade als er ihr seine Liebe gestehen will, verwandelt sich die gesamte Menschheit und eine Vogelart durch einen grünen Lichtschimmer in Stein. Als er aus dem Stein in einer Höhle erwacht, macht er sich auf die Suche nach seiner großen Liebe – In dem Wissen, dass Yuzuriha zuletzt unter dem Kampferbaum stand. Er findet schnell den Baum als auch seine große Liebe, die wie alle anderen immer noch aus Stein ist. Jedoch hat sein guter Freund und Wissenschaftler Senku (石神 千空 Ishigami Senku) eine Nachricht im Baum hinterlassen. Ihr folgend trifft er Senku, der bereits ein halbes Jahr vor ihm aus dem Stein erwacht ist, am Fluss. Er hat die vergangene Zeit gezählt und kann dadurch berichten, dass es der 5. Oktober 5738 ist und die gesamte Menschheit für Tausende Jahre in Stein verwandelt worden. Die beiden versuchen die Zivilisation wieder aufzubauen und in der freien Wildnis zu überleben, in die sich die Welt verwandelt hat. Senku findet heraus, dass Salpetersäure aus Fledermauskot für die Rückverwandlung von Taiju verantwortlich war. Er nutzt sein Wissen, um Ethanol herzustellen und dies mit Salpetersäure zu mischen um Nital herzustellen. Als erstes wollen sie Yuzuriha wiederbeleben, werden aber von Löwen gejagt und wecken notgedrungen Tsukasa Shishio (獅子王 司 Shishiō Tsukasa) auf, der auch als „Stärkster Primatengymnasiast“ bekannt ist. Dieser hält die Löwen auf und hilft den beiden bei der Jagd und dem Schutz. Als Senku jedoch aus Muschelschalen Kalziumkarbonat gewinnt – als Dünger, zur Seifenherstellung und für Zement, später auch für Schießpulver – erzählt Tsukasa von seiner Kindheit: Seine Schwester war schwer krank und er wollte ihr eine Halskette aus Muscheln basteln, jedoch wurde er von dem Besitzer der Fischerrechte für das Gebiet zusammengeschlagen. Seitdem hegt er einen Groll gegen die Erwachsenen, die er als korrupte Monster sieht. Er will, dass nur die Jugend wiederbelebt wird und beginnt, die Statuen der Erwachsenen zu zerstören und die Menschen zu töten. Es kommt zum Verwürfnis, denn Senku will alle wiederbeleben und versucht mit seinem Wissen die Zivilisation wieder zurückzubringen. Dadurch entstehen zwei rivalisierende Clans: Das „Reich der Macht“ mit dem Stärksten Primatengymnasiasten und Senkus „Königreich der Wissenschaft“.
