Das kleine Königreich Dor ist von Freude durchdrungen. Das Glück seiner Bewohner ist vollkommen und könnte nicht größer sein. Voller Spannung warten sie auf die Präsentation der neuesten Kreation des königlichen Kochs beim Festtag der Suppe. Doch ein schrecklicher Unfall lässt das Königreich in tiefer Trauer erstarren. Bald ist die Freude nahezu vergessen und existiert nur noch in der Erinnerung der Bewohner von Dor. Der Himmel ist dauerhaft wolkenverhangen und verbirgt die Sonne, die Felder liegen brach und die Bewohner von Dor beginnen das Glück zu vergessen und die Sehnsucht nach besseren Zeiten erlischt.
In diese Zeit wird der kleine Mäuserich Despereaux Tilling geboren. Schnell entwickelt sich dieser zum Außenseiter. Trotz seiner geringen Größe ist er überzeugt, zu Höherem berufen zu sein – wie die Ritter in den Geschichten, die Despereaux mit Begeisterung verschlingt. So passt er sich nicht an, weder huscht er verstohlen, noch zeigt er Angst. Auch ist er ständig von Mut und Neugier erfüllt.
Nachdem der Rat herausgefunden hat, dass Despereaux mit einem Menschen gesprochen hat, wird er von diesem in die Verliese verbannt.
In der Welt der Ratten gerät Despereaux schnell in Bedrängnis und läuft Gefahr, zu deren Belustigung getötet zu werden. Aus dieser Notlage rettet ihn die Ratte Roscuro. Die beiden werden Freunde und Despereaux lehrt Roscuro Tugend und gemeinsam wagen sie sich in die große weite Welt.
Als Prinzessin Pea Roscuro die Freundschaft ausschlägt, verdunkelt sich sein Herz und er sinnt zusammen mit Mig, einer anderen Außenseiterin, auf Rache. Nach der Entführung von Pea entdeckt Despereaux, dass nur er alleine die Prinzessin retten kann.