Während des Amerikanischen Bürgerkrieges fliehen die Unionssoldaten Capt. Cyrus Harding, Herbert Brown, der Kriegsberichterstatter Gideon Spilitt und Cpl. Neb Nugent mit einem Gasballon aus der Gefangenschaft. Dabei wird Sgt. Pencroft von der konföderierten Armee ein unfreiwilliger Passagier. Nach einer langen Fahrt reißt der Ballon, nur knapp können sich Herbert, Spilitt, Neb und Pencroft auf eine Insel retten. Kurz darauf entdecken sie auch den tot geglaubten Capt. Harding. Niemand weiß jedoch, wer ihn gerettet hat.
Man beschließt, die Insel zu erkunden. Nachdem sie eine Weile gegangen waren, wird die Truppe von einer Riesenkrabbe angegriffen. Diese schnappt sich Neb, wird jedoch von den anderen getötet, Neb wird befreit.
Nachdem sie eine Weile auf der Insel gelebt haben, stranden zwei weitere Personen auf der Insel. Es handelt sich dabei um Lady Mary Fairchild und ihre Nichte Elena. Die Männer freunden sich bald mit den Damen an. Gemeinsam wollen sie ein Boot bauen, um zu fliehen. Nachdem sie eine Weile mit selbstgebauten Werkzeugen arbeiten, entdeckt Neb eine treibende Kiste mit wertvollen Inhalten, die, wie sich später herausstellt, von der Nautilus stammt. Da aber die Nautilus angeblich schon lange gesunken sei, ist man sich nicht ganz sicher.
Eine Weile später jedoch werden Spilitt und die Damen von einem riesigen Vogel angegriffen. Sie werden zum Glück vom rechtzeitig auftauchenden Herbert gerettet, bevor Elena gefressen werden kann. Es stellt sich dann heraus, dass nicht Herbert den Vogel mit seinen Messer getötet hat, sondern dass ihn ein Fremder von Weitem erschossen hat.
Die Rettung scheint bald angebrochen zu sein, da das Boot bald fertig ist. Doch dann werden sie von Piraten angegriffen. Gleichzeitig werden Herbert und Elena von einer Riesenbiene angegriffen. Sie fliehen und entdecken dabei die Nautilus. Für die Anderen scheint es kein Entkommen zu geben, da die Piraten sie mit Kanonen beschießen. Doch dann explodiert ein Teil des Schiffes, welches daraufhin sinkt. Schließlich taucht Kapitän Nemo auf und stellt sich vor. Es stellt sich heraus, dass Nemo es war, der Harding gerettet und den Vogel getötet hat. Er erklärt ihnen, dass er die Riesentiere gezüchtet hat, um die Welt vom Hunger zu befreien.
Zum Schrecken der Anderen erklärt ihnen Nemo außerdem, dass der Inselvulkan bald ausbricht. Deshalb arbeiten sie an einer Methode, das gesunkene Piratenschiff zu heben, um damit zu fliehen. Doch der Vulkan scheint früher auszubrechen, weswegen Nemo aufgeben will. Doch die Anderen geben nicht auf und schaffen es, das Schiff zu heben, nachdem sie von einer gigantischen Krake angegriffen wurden. Nemo schafft es nicht, aus der einstürzenden Höhle zu entkommen, und stirbt in der Nautilus. Die Anderen schaffen es, zu entkommen.
https://de.wikipedia.org/wiki/Die_geheimnisvolle_Insel_(Film)