Der Film erzählt eine eigenständige Geschichte, die die Ereignisse der Videospielserie neu erzählt. Ratchet trifft erstmals auf Clank, als sie versuchen, die Solana-Galaxie vor der Zerstörung durch Chairman Drek und die Blarg zu bewahren. Im weiteren Verlauf wird der Film auf verschiedene Handlungselemente genauer eingehen und auch einige Details der Original series mit aufnehmen, etwa die Einführung von Doctor Nefarious und den Galactic Rangers.