Nach dem Ende der Krimi-Reihe Derrick wollten deren Autor und Produzent, Herbert Reinecker und Helmut Ringelmann, einen Nachfolger schaffen. Die neue Serie sollte ursprünglich unter dem Titel Der Kommissar an den Start gehen. Schließlich legte man sich auf den Titel Siska fest; dessen gleichnamige Hauptfigur bekam den Vornamen seines ersten Darstellers Peter Kremer.
Siska wurde und wird in über 20 Ländern ausgestrahlt.
Peter Siska zieht nach dem Tod seiner Frau (Sabine Petzl) von Mülheim nach München und übernimmt dort eine Mordkommission. Hauptkommissar Jacob Hahne und Oberkommissar Lorenz Wiegand stehen diesem zunächst skeptisch gegenüber, doch bereits in ihrem ersten Fall muss das Trio fest zusammenhalten, um diesen zu lösen. Trotz verschiedener Ermittlungsmethoden der drei steht der Teamgeist bei allen immer an erster Stelle.
Nach 56 Episoden stieg Peter Kremer im Oktober 2004 (Serientod) aus. Wolfgang Maria Bauer übernahm ab Folge 57 als Kriminalhauptkommissar Viktor Siska (und als Bruder des verstorbenen Peter Siska) die Leitung der Münchner Mordkommission mit seinen Kollegen Kriminalhauptkommissar Jacob Hahne (Werner Schnitzer), der bereits seit Serienstart dabei ist, und Kriminalkommissar Gerhard Lessmann (Tobias Nath), der gemeinsam mit Viktor Siska seinen Dienst in München begann. Nath stieg im Dezember 2005 aus der Reihe aus. Frühere Kollegen waren außerdem Kriminaloberkommissar Lorenz Wiegand (Matthias Freihof) und Kriminaloberkommissar Felix Bender, gespielt von Robinson Reichel. Lessmanns Nachfolger war Kriminaloberkommissar Robert Dallberg, gespielt von Dirk Plönissen.
Eine Besonderheit ist, dass Wolfgang Maria Bauer (der spätere Viktor Siska) in drei früheren Folgen (Folge 40: „Wenn Du erstmal tot bist“ und Folge 50: „In letzter Minute“) jeweils den Mörder spielte und in Folge 37 („Und dann hilft dir keiner mehr“) als Franz Kuhn.
Die Serie wurde nach 91 Folgen eingestellt, die letzte Folge lief am 4. Juli 2008.