Die junge drogenabhängige Maggie Hayward bricht mit ihrer Clique in eine Apotheke ein. Als die herbeigerufene Polizei die Gruppe stellt, kommt es zu einem Schusswechsel mit mehreren Toten, bei dem Maggie einen Polizeibeamten tötet. Für diese Tat wird sie zum Tode verurteilt und augenscheinlich mit einer Giftspritze hingerichtet, doch eine geheime Organisation der Regierung, in der Gestalt des Geheimdienstlers Bob, bietet ihr eine zweite Chance an: Entweder arbeitet sie als Killerin für die Regierung oder sie wird beseitigt.
Bob gewährt ihr eine Stunde Bedenkzeit. Als er sie danach in ihrer Zelle aufsucht, schlägt sie ihn nieder und nimmt ihn kurzerhand als Geisel. Bob gelingt es, sie zu überwältigen und schießt ihr als Bestrafung ins Bein. Etwas später stimmt sie der Abmachung zu, fordert jedoch von Bob Schallplatten ihrer Lieblingssängerin Nina Simone, nach der sie ihren Codenamen Nina bekommt.
Die Ausbildung zur Auftragskillerin beinhaltet neben einer allgemeinen Kampf- und Schießausbildung den Umgang mit Computern sowie Benimmregeln. Nina wird zeitweise rebellischer, aber sie ändert sich zu einer gelehrigen Schülerin, als sie erfährt, dass sie getötet werden soll, wenn sie nicht binnen sechs Monaten ihr Verhalten ändert. Eines Tages wird sie von Bob zu einem Essen außerhalb der geschlossenen Einrichtung eingeladen, was sich aber schnell als ihr erster Job entpuppt, den sie erledigt. Mit diesem Test endet ihre Ausbildung.
Nina erhält eine neue Identität als Claudia Anne Doran und soll fortan ein bürgerliches Leben zur Tarnung führen. Sie sucht sich eine Wohnung in Venice Beach und lernt dabei den Fotografen J. P. kennen und verliebt sich in ihn. Da Nina J. P. nur wenige Einzelheiten aus ihrer Vergangenheit anvertraut und seinen Fragen ausweicht, kommt es im Folgenden immer wieder zu Spannungen zwischen den beiden.
Bei ihrem nächsten Einsatz bringt sie, als Servicekraft getarnt, unwissentlich Sprengstoff in ein Hotelzimmer, den Mitarbeiter des Geheimdienstes im präparierten Kaffeegeschirr verborgen hatten. Als sie das Hotel verlässt, sieht sie die Explosion und ist darüber sichtlich schockiert. Noch am gleichen Abend besucht Bob Nina und ihren Freund, den er „routinemäßig“ überprüfen will. Er gibt sich als ihr Onkel und Teilhaber einer Reiseagentur aus, erzählt J. P. fiktive Details aus Ninas Kindheit und schenkt ihnen eine Reise nach New Orleans zum Mardi Gras.
Als Nina in New Orleans mit einem Präzisionsgewehr einen Mordanschlag aus einem Badezimmerfenster begehen muss, während J. P. ihr durch die Tür einen Heiratsantrag macht, beschließt sie, auszusteigen. Bob erklärt ihr jedoch später, dass dies unmöglich ist. Er überreicht ihr einen weiteren Auftrag, bei dem sie das Archiv eines Waffenschiebers auf Diskette sichern und ihn töten soll. Um an seinen Leibwächtern vorbeizukommen, soll sie sich als seine Geliebte ausgeben. Bereits die Vorbereitungen verlaufen nicht nach Plan und die Organisation schickt Viktor, einen Cleaner. Viktor soll alle Spuren beseitigen, einschließlich Nina, nachdem sie ihren Auftrag beendet hat. Nina ahnt jedoch etwas, als sich beide mit dem Auto vom Tatort entfernen. Es kommt zu einem Kampf, bei dem Viktor mit dem Auto in eine Schlucht stürzt.
In der Schlusssequenz sucht Bob Ninas Wohnung auf. Ihr Freund übergibt Bob die Diskette und sagt ihm, dass sie gegangen sei. Als Bob wegfährt, sehen er und Nina sich auf der Straße. Er folgt ihr aber nicht, sondern meldet seinen Vorgesetzten, dass neben Viktor auch sie bei dem Autounfall ums Leben gekommen sei.