Fünf Jahre nach der Ermordung seiner Familie ist der tot geglaubte Polizeibeamte Frank Castle im Untergrund als der „Punisher“ aktiv. Er lebt in der Kanalisation und führt einen Ein-Mann-Krieg gegen das organisierte Verbrechen; sein einziger Freund ist der obdachlose Alkoholiker Shake. Dieser informiert den Punisher immer wieder über die Aktivitäten der Mafia. Da der Punisher innerhalb von fünf Jahren 125 Verbrecher der italienischen Mafia getötet hat, ist diese sehr geschwächt. Dies ruft die Yakuza, angeführt von Lady Tanaka, auf den Plan. Die japanischen Gangster wollen die amerikanische Unterwelt unter ihre Kontrolle bringen und entführen aus diesem Grund die Mafia-Kinder und verlangen Lösegeld.
Shake überredet den Punisher, die Kinder zu retten, denen unabhängig von der Reaktion ihrer Eltern ein Schicksal in der Sklaverei droht. Ihm gelingt es, die meisten Kinder zu retten, der Sohn des Mafiaoberhaupts Gianni Franco wird jedoch in das Yakuza-Hauptquartier nach New York gebracht. Der Punisher wird von der Polizei verhaftet, von Franco jedoch wieder befreit. Franco zwingt den Punisher, mit ihm zusammen seinen Sohn zu befreien und das japanische Verbrechen daran zu hindern, in Amerika Fuß zu fassen. Sollte dieser sich weigern, würde Franco Franks alten Freund Berkowitz erschießen.
Franco und der Punisher dringen, mit der Hilfe von Shake, in das Hauptquartier der Yakuza ein und töten deren Mitglieder. Im obersten Stockwerk kommt es zum Kampf zwischen Tanakas Tochter und dem Punisher, in dessen Verlauf er ihr das Genick bricht. Während dessen nimmt Lady Tanaka Francos Sohn als Geisel und zwingt Franco sich selbst zu erschießen. Als Franco gerade dabei ist abzudrücken, springt der Punisher in den Raum und tötet Tanaka mit einem seiner Messer. Als Franco seinen Sohn wieder hat, versucht er, den Punisher umzubringen, wird von diesem aber nach einem Zweikampf erschossen. Als die Polizei erscheint, verschwindet der Punisher und warnt Francos Sohn, nicht in die Fußstapfen seines Vaters zu treten.