Der Film beginnt im Jahr 1914 in Ägypten, in einem verfallenen Tempel, wo der Archäologe Professor Pacoli, begleitet vom Reporter Billy und einem Priester, Inschriften über das unfassbar Böse findet, das alle 5000 Jahre wiederkehrt und versucht, alles Leben zu zerstören. Zudem steht dort etwas von einer Waffe gegen das Böse – die fünf Elemente, wobei die vier Elemente Feuer, Wasser, Erde und Luft durch vier Steine repräsentiert werden. Ein fünftes Element sei in einem Sarkophag begraben. Wenn die Elemente im Tempel aufgestellt würden, könne das Böse gestoppt werden.
Der Priester, der als Wächter des Geheimnisses des fünften Elementes und des Tempels fungiert, versucht vergeblich, den Professor und Billy zu vergiften. Schließlich landet ein Raumschiff mit Außerirdischen einer fremden Zivilisation, den Mondoshawan (sprich: Mondoschiwan), vor dem Tempel. Sie nehmen die Steine und den Sarkophag aus Sorge, dass diese im bevorstehenden Krieg auf der Erde nicht sicher seien, an sich. Der Priester wird von den Mondoshawan beauftragt, den Tempel zu beobachten und diese Aufgabe an die Priester der folgenden Generationen weiterzugeben, um sich auf das nächste Auftauchen des unfassbar Bösen und die Rückkehr der Mondoshawan mit den fünf Elementen vorzubereiten.
Im Jahr 2263 beginnt schließlich der mythische Kampf zwischen Gut und Böse. Das Böse, eine riesige Kugel, die auf die Erde zurast, hat sich mit Jean-Baptiste Emanuel Zorg verbündet, dem Leiter eines großen Wirtschaftsimperiums, das unter anderem mit Waffen handelt. Zorg nutzt als Söldner außerirdische Krieger namens Mangalores. Die außerirdischen Krieger sind die letzten Überlebenden einer militanten, von den Menschen besiegten Rasse. Zorg soll die vier Steine an sich bringen, sie dem unfassbar Bösen (das unter dem Namen „Mr. Shadow“ gelegentlich bei Zorg anruft) ausliefern und so die Erde entwaffnen. Darüber hinaus kann die Waffe gegen das Böse sogar in einen Vernichter der Welt umgewandelt werden, indem man im Zentrum der Waffe das fünfte Element durch das Böse ersetzt.
Das fünfte Element, eine Frau namens Leeloo Minai Lekatariba-Lamina-Tchai Ekbat De Sebat, wird von den Mondoshawan zur Erde gesandt, um zusammen mit den anderen vier Elementen die Erde gegen das unfassbar Böse zu verteidigen. Ihr Raumschiff wird unterwegs von den Mangalores angegriffen und zerstört, doch Leeloo wird mithilfe einiger verbliebener lebender Zellen von den Wissenschaftlern der Erde, die ihr Genom als das des perfekten Menschen bezeichnen, rückgeklont. Zunächst verwirrt und orientierungslos flüchtet sie aus dem Labor und landet im Taxi von Korben Dallas, früher Offizier einer Spezialeinheit. Dieser nimmt sie trotz der sehr widrigen Umstände und der Tatsache, dass Leeloo sich kaum mit ihm verständigen kann, bei sich auf und bringt sie zum Priester Vito Cornelius, der als Nachfolger des ägyptischen Priesters Geheimnisträger und Verbindungsmann zu Leeloo und den Mondoshawan ist. Kaum dass Leeloos Identität offenbart ist, wird Korben kurzerhand wieder vor die Tür gesetzt, und Cornelius und sein Schüler David machen sich daran, Leeloo alles über die Erde beizubringen, als auch von ihr herauszubekommen, wo sich die Steine befinden. Währenddessen zerstreiten sich Zorg und die Mangalores über den Misserfolg der Abfangmission. Die vier Steine waren nicht an Bord gewesen, weil die Mondoshawan den Menschen misstraut hatten und den Transport anders regelten. Zorg und die Mangalores beginnen die Steine unabhängig voneinander zu jagen.
Die Militärs indessen beauftragen Korben mithilfe eines fingierten Preisausschreibens mit der Mission, sich auf einem Kreuzfahrt-Raumschiff auf Fhloston Paradise mit einer Sängerin zu treffen, die im Besitz der vier Steine ist. Mittels des „Gewinns“ versuchen auch Cornelius, Zorg und die Mangalores unabhängig voneinander an Bord und somit an die Steine zu kommen, doch schließlich fliegt Korben selbst mit Leeloo zum Schiff und wird der Ehrengast des exzentrischen Showmasters Ruby Rhod. Cornelius gelangt als blinder Passagier ebenfalls auf das Raumschiff. Auch dieses wird von Zorg und den Mangalores (wiederum getrennt) angegriffen. Die Sängerin wird getötet, aber Korben rettet die vier Steine und Leeloo. Korben, Leeloo, Cornelius und Ruby verlassen das Raumschiff in einem kleinen Raumgleiter von Zorg, während Leeloo beim weiteren Studieren der Erdensprache durch das Wort „Krieg“ und die damit verbundenen Bilder schwer traumatisiert wird. Zorg, der eine Bombe gelegt hat, um seine Spuren zu beseitigen, ist gezwungen, wieder zum Schiff zurückzukehren und seinen Sprengsatz zu entschärfen, als er feststellen muss, dass er nur einen leeren Koffer statt der Steine erbeutet hat. Doch gleich darauf zünden die besiegten Mangalores eine eigene Bombe, welche Zorg und das Schiff vernichtet.
Das Böse fliegt weiter in Richtung Erde und steht kurz vor der Kollision mit ihr. Korben und seine Begleiter erreichen den ägyptischen Tempel gerade noch rechtzeitig und lösen das Rätsel um die Aktivierung der Steine. Mit diesen wird die Verteidigungswaffe aber nur zum Teil aktiviert; das fünfte Element – Leeloo – fehlt noch. Sie ist durch die Gewalterfahrungen der vorangegangenen Kämpfe dem Sterben nah und bezweifelt, dass eine so gewalttätige Spezies wie die der Menschen einer Rettung würdig wäre. Verzweifelt bittet sie Korben, ihr einen Grund dafür zu nennen, dass die Menschheit ihre Rettung verdient hätte. Als Korben seine Liebe zu ihr erklärt und sie sich küssen, wird sie als fünftes Element aktiviert und das Böse wird wenige Sekunden vor dem Einschlag durch einen Lichtstrahl gestoppt, der von den vier Steinen erzeugt, durch sie gebündelt und durch das offene Tempeldach ins Weltall geschossen wird. Korben und Leeloo umarmen einander leidenschaftlich.
In einer abschließenden Szene will sich der Präsident der Vereinigten Kontinente im Namen der Menschheit bei allen Beteiligten für die Rettung des Planeten bedanken.
