Léon ist ein Auftragsmörder, der in New York in Diensten der Italo-Mafia steht. Er erledigt schwierige Aufträge, die ihm der ältere, berechnende Tony gibt. So schaltet er prompt und zuverlässig eine im Drogenhandel konkurrierende Bande aus, wobei er mehrere Kriminelle umbringt. Doch auch für einen Auftragsmörder wie ihn existieren Regeln, die er als ungeschriebene Gesetze seines Berufsethos versteht: „keine Frauen, keine Kinder“. Privat ist Léon ein einsamer Mensch, ohne Freunde und Familie, mit einer traurigen Vergangenheit. Sein einziger „Freund“, abgesehen von der Vaterfigur Tony, mit dem ihn aber mehr das Geschäftliche verbindet, ist eine Topfpflanze, eine Aglaonema, die wie er „keine Wurzeln hat“.
Im selben Haus wohnt die zwölfjährige Mathilda, die von ihrem Vater misshandelt und von ihrer Familie kaum beachtet wird. Als Mathildas Familie von korrupten Polizisten des Drogendezernates DEA ermordet wird, rettet Léon sie und versteckt sie in seiner Wohnung. Mathilda schwört den Mördern ihres kleinen Bruders Rache und will ebenfalls Auftragsmörderin werden, nachdem sie Léons Waffenkoffer entdeckt und so von seiner Tätigkeit erfahren hat. Sie schlägt Léon einen Handel vor: Er soll sie ausbilden, sie hilft im Haushalt und bringt dem Analphabeten Léon Lesen und Schreiben bei. Widerwillig geht er auf den Handel ein, denn zunächst sieht er in Mathilda ein Risiko. Er betrachtet sie als seine Schülerin, der er den Umgang mit Waffen, nicht aber das Töten beibringt. Die Zwölfjährige entwickelt mit der Zeit Gefühle für ihren seltsam unreifen Mentor, ihre Annäherungsversuche werden jedoch von Léon zurückgewiesen.
Mathilda versucht Norman Stansfield, den drogensüchtigen Chef der drogendealenden DEA-Einheit, auf eigene Faust zu töten. Das schlägt fehl, und sie wird festgenommen. Léon hat ebenfalls den Kampf gegen die Mörder von Mathildas Familie aufgenommen, als er Malky, Stansfields zweiten Mann, in Chinatown mit den Worten „keine Frauen, keine Kinder“ exekutiert. Anschließend findet er daheim die Nachricht von Mathilda, sie werde nun selbst auf der Polizeiwache Rache üben. Er begibt sich dorthin, befreit sie und erschießt dabei zwei der Mittäter. Die Polizei beginnt, Léon und Mathilda zu jagen. Unter Druck gesetzt gibt Tony – der viele Exekutierungsaufträge von der DEA-Gruppe erhielt – Léons Adresse preis, woraufhin die Polizisten das Haus stürmen, in dem sich Léon und Mathilda aufhalten. Léon ermöglicht Mathilda die Flucht durch einen engen Installationsschacht und kann selbst der Übermacht der Polizisten entkommen, indem er den Kampfanzug eines getöteten Polizisten anzieht und sich als vermeintlich angeschossener Polizist aus der Wohnung retten lässt. Allerdings hat Stansfield ihn erkannt und folgt ihm. Als Léon das Gebäude durch den Keller verlassen will, schießt er ihm in den Rücken. Bevor Léon stirbt, hat er noch die Kraft, ihm im Namen von Mathilda ein Geschenk zu übergeben – den gezogenen Sicherungssplint einer Handgranate aus seinem Gürtel. Stansfield kommt bei der folgenden Explosion um.
Mathilda begibt sich zu Tony, dem vereinbarten Treffpunkt. Tony, der vom Verhör durch Stansfield und dessen Leute noch sichtlich gezeichnet ist, teilt ihr mit, dass Léon bei ihm Geld für sie auf die Seite gelegt habe. Mathilda bietet Tony an, als Auftragskillerin für ihn zu arbeiten, da sie von Léon ausgebildet wurde. Tony wird daraufhin wütend und verweigert ihr diesen Wunsch; er besteht darauf, dass sie ein normales Leben anfängt. Mathilda kehrt daraufhin zur Spencer School zurück und wird dort wieder aufgenommen. Anschließend pflanzt sie Léons „Freund“ auf einer Wiese vor der Schule ein und beendet den Film mit den Worten: „Hier wird es uns gut gehen, Léon.“
