Plötzlich tauchen Pinguine ohne Erklärung in der Stadt auf. Aoyama findet heraus, dass die Pinguinart bekanntermaßen einem einzigartigen Pfad folgt, der als "Penguin Highway" bekannt ist und in den Wald führt. Nachdem der Tyrann Suzuki Aoyama an einen Automaten gebunden hat, befreit die Lady Aoyama und verwandelt eine Getränkedose in einen Pinguin.
In der Schule findet Aoyama Uchida und seinen anderen Klassenkameraden Hamamoto mit einem Pinguin namens Penta auf dem Dach. Sie bringen Penta in den Zug, wo er beim Verlassen des Bahnhofs krank wird. Penta stolpert aus dem Käfig und verwandelt sich in eine Getränkedose. Aoyama geht dann in ein Café, um mit der Dame Schach zu spielen, wo sie ihre Schlafstörungen erwähnt, nachdem sie über den Jabberwock gelesen hat. Der Strom geht aus und dann verwandelt sie die Teile versehentlich in Fledermäuse. Aoyama folgert später, dass die Dame geworfene Gegenstände im Licht in Pinguine und im Dunkeln in Fledermäuse verwandeln kann.
Am nächsten Tag führt Hamamoto Aoyama und Uchida tief in den Wald, wo sich eine schwimmende Wassersphäre befindet, die sie "Meer" nennt. In den nächsten Tagen spielen Aoyama, Uchida und Hamamoto am Meer herum und untersuchen es. Uchida wirft ein Spielzeugraumschiff in die Kugel und saugt das Spielzeug auf. Eines Tages kommt Suzuki, um Uchida und Aoyama auf der Kugel zu schikanieren, und Hamamoto warnt ihn, niemandem von der Kugel zu erzählen.
Am folgenden Tag stellen Fernsehreporter fest, dass eine neue, nicht identifizierte Kreatur entdeckt wurde. Aoyama und Uchida sehen die Kreatur, die einen Pinguin frisst. Die Dame bittet Aoyama, mit ihr an die Küste zu fahren, und sie fahren mit dem Zug ab. Als sie den Bahnhof verlassen, wird die Dame krank. Ihr Schweiß fällt auf den Boden und verflüssigt den Beton in die Kreatur - einen Jaberwock. Danach sieht er die Dame eine Weile nicht mehr.
Nach der Schule gehen Hamamoto und Uchida, um den Wald abgesperrt zu finden. Als sie trotz der Warnungen eintreten, finden sie Hamamotos Vater, der Nachforschungen anstellt, wobei Suzuki den Standort der Kugel enthüllt. Ein riesiger Sturm braut sich zusammen, wenn die Kugel größer wird. Am nächsten Tag zeigt sich, dass sich die Sphäre in gefährlichem Maße ausgedehnt hat und Hamamotos Vater verschwunden ist. Die Schule ist gesperrt, und Aoyama entkommt, um sich mit der Dame zu treffen.
Aoyama löst das Rätsel. Das Meer ist die Energiequelle sowohl für die Pinguine als auch für die Dame, aber die Pinguine versuchen, es zu zerstören. Das Meer verdrängt den Raum und verzerrt die Zeit. Aoyama glaubt, das Meer sei ein Loch, ein Ort, an dem die Welt zerrissen ist. Die Pinguine versuchen es zu zerstören, um die Welt zu reparieren. Wenn jedoch zu viele Pinguine hergestellt werden, wird die Dame krank. Als Antwort produziert sie die Kreatur, die als Jaberwock bekannt ist. Diese greifen die Pinguine an, wodurch die Kugel größer wird und ihre Gesundheit verbessert wird.
Aoyama und die Dame gehen in Richtung Wald und erzeugen eine Menge Pinguine. Sie sprengen ihren Weg in die Sphäre und landen in der apokalyptischen Zukunft. Aoyama und die Dame retten Hamamotos Vater und die anderen Forscher. Die Pinguine fliegen hoch und lassen die Kugel platzen, wodurch Wasser in die reale Welt strömt.
Aoyama und die Dame kehren ins Café zurück, um sich zu unterhalten, während die Pinguinmenge langsam verschwindet. Als der letzte Pinguin verschwindet, umarmt sie Aoyama und verlässt das Café. Vor dem Fenster verschwindet sie. Er beschließt, nicht zu weinen und glaubt, er werde sie wiedersehen und ihr sagen, dass er sie geliebt hat. Eines Tages entdeckt Aoyama eine Katze, die außerhalb des Cafés spielt, an der Stelle, an der die Lady verschwunden ist. Er nähert sich der Stelle und findet das Spielzeugraumschiff, das die Kugel verschluckt hat.