In ferner Zukunft hat der vermeintlich verrückte und geniale Wissenschaftler Zorndyke, während er die Magnetfelder manipulierte und eine Instabilität der Erdkruste mit Umstrukturierungen dieser erreicht, durch Klimaveränderungen auch die Polkappen zu schmelzen begannen und große Teile der Welt im Wasser untergingen, durch Mutation denkende Kreaturen des Wassers und der Erde mit menschlichen Wesenszügen geschaffen, die beginnen, sehr erfolgreich gegen die Menschheit zu kämpfen. Gegen ihn und seine Geschöpfe kämpft der Rest der Menschen, vor allem die U-Boot-Flotte der Unterwasserstation Blue Dome. Zur Führung des hypermodernen U-Boots Blue Submarine No.6 gehört die Offizierin Mayumi Kino. Diese will den schwermütigen, eigenwilligen Spezialisten Tetsu Hayami überzeugen, mit ihr zu kämpfen, um Zorndyke endgültig zu besiegen. Dieser findet einen besonnenen, sterbenden und traurigen Zorndyke und muss feststellen, dass seine von ihm als Antwort auf eine immense Umweltzerstörung und Tod seiner Familie geschaffenen Lebewesen, mit Gefühlen ausgestattet, sehr intelligent, liebens- und lebenswert sind. Diese kämpfen unter ihrem genialem, wütenden, zornigem Anführer in Form eines aufrecht gehenden Hais und dem „Sohn“ Zorndykes, selbst nur um ihr überleben und um einen Platz in der großen, weiten Welt. Am Ende kann, zu Gunsten eines friedlichen Miteinanders, eine noch größere Katastrophe, die gesamte Zerstörung der Erde in Form eines massiven Einsatzes von Nuklearmaterial auf beiden Seiten, grade noch verhindert werden.