Es sind fünf Jahre seit dem ersten Film vergangen. In den letzten fünf Jahren wurde die Steinstadt regelmäßig angegriffen und vernichtet. So wurde die Stadt immer postapokalyptischer. Die Angreifer entführen Lucy, Batman, Eisenbart, Benny und Einhorn-Kitty. Alleine macht sich Emmet auf den Weg, sie zu retten. Lucy, Batman und die anderen werden zu Königin Wasimma Si-Willi gebracht. Diese erklärt, dass sie Batman heiraten will um den Untergang der LEGO-Welten zu verhindern. Währenddessen rettet Rex Emmet. Rex erklärt ihm, dass die Hochzeit den Untergang auslösen wird und dass sie deswegen die Hochzeit verhindern müssen. Eisenbart, Benny und Einhorn-Kitty fühlen sich schnell wohl. Nur Lucy zweifelt an der Ehrlichkeit der Königin. Selbst Batman wird überzeugt, der Hochzeit zuzustimmen. Zur gleichen Zeit erklärt Rex Emmet, wie er die Hochzeit aufhalten muss. Als dies Emmet gelingt, wird der Untergang (d. h. alle Steine kommen in die Box des Vergessens) ausgelöst. Rex verrät, dass er Emmet aus der Zukunft ist. Ihn hatte niemand auf seinem Alleingang gerettet, so dass er Jahre lang alleine und verloren war. Darüber ist er hart geworden. Mit einer selbst gebauten Zeitmaschine will er nun die Geschichte ändern: Weil seine alten Freunde ihn nicht gerettet hatten, wollte er nun den Untergang auslösen, der in seiner Zeit nicht stattfand. Damit Emmet sicher zu Rex wird, setzt er ihn aus. In der Box merken Lucy und die anderen, dass die Ziele der Königin wirklich edel waren: sie wollte nur alle Steine zusammenführen. Sie brechen aus der Box aus und retten Emmet. Da Emmet so nie zu Rex wird, löst Rex sich auf.
In der realen Welt gibt es parallel Streit zwischen Finn (aus dem ersten Teil) und seiner Schwester über das LEGO. Finn will lieber alleine spielen, während seine Schwester mit ihm zusammen spielen will. Erst gegen Ende vertragen sich die beiden und spielen dann vereint.