In Japan werden Shirai Ryu-Großmeister Hanzo Hasashi und sein kleiner Sohn Satoshi auf dem Heimweg von mehreren Ninjas des rivalisierenden Lin Kuei-Clans überfallen. Hasashi tötet sie alle, nachdem er entdeckt hat, dass die Lin Kuei den Rest des Shirai Ryu, einschließlich seiner Frau Harumi, geschlachtet haben. Der Großmeister Sub-Zero des Lin Kuei erscheint, nutzt seine Gefrierfähigkeiten, um Hanzo im Eis zurückzuhalten und ermordet dann Satoshi. Dann spießt er Hanzo mit einem Eiszapfen durch den Hals und tötet ihn. Tief unten in den Tiefen des Netherreichs ist Hasashi auf mysteriöse Weise auferstanden und trifft sich mit dem Zauberer Quan Chi, der Hanzo überredet, im Mortal Kombat-Turnier für ihn zu kämpfen, damit er sich an Sub-Zero rächen kann. Hanzo stimmt zu und nennt sich Scorpion.
Währenddessen bereiten sich der Donnergott Raiden und der Shaolin-Mönch Liu Kang auf die Verteidigung von Earthrealm vor, indem sie am Mortal Kombat-Turnier teilnehmen, das vom alternden Hexenmeister Shang Tsung veranstaltet wird. Der Sieger des Turniers wird gegen Tsung kämpfen, um über das Schicksal von Earthrealm zu entscheiden. Das Paar wird von dem arbeitslosen Hollywood-Schauspieler Johnny Cage und der Special Forces-Agentin Sonya Blade begleitet, die beide ihre eigenen Gründe für die Teilnahme haben: Sonya verfolgt Kano, den Anführer des Verbrechenskonsortiums Black Dragon, und Johnny glaubt, dass er daran teilnimmt ein Filmprojekt.
Bei seiner Ankunft auf Shang Tsungs Insel versucht Scorpion, Shinnoks Amulett auf Quan Chis Befehl zu stehlen, aber Raiden überredet ihn, den Deal nicht weiter zu verfolgen. Währenddessen erleben Cage, Liu und Sonya, wie Sonyas Partner Jackson "Jax" Briggs vom Turniermeister Goro schwer verletzt wird, bis Raiden eingreift. Im Verlauf des Turniers behauptet Johnny kaum den Sieg über Baraka, Sonya tötet erfolgreich Reptile und Liu kämpft gegen Kitana, die als Siegerin hervorgeht, wenn sie nachgibt. Bei dem Versuch, die Earthrealm-Helden aufzuhalten, lassen Kano seine Attentäter die Insel infiltrieren, um sie zu töten, aber sie werden alle von Scorpion getötet. Beim Versuch, gegen Kano zu kämpfen, erscheint Sub-Zero und hilft beim Umgang mit den Attentätern, aber ein rachsüchtiger Skorpion packt ihn von einer Brücke in eine Stachelgrube, spießt sie beide auf und tötet Sub-Zero. Johnny und Sonya verfolgen Kano, um Jax zu retten, während Liu zu Shang Tsungs Thronsaal eilt.
Quan Chi erscheint vor Scorpion und enthüllt, dass er direkt für das Abschlachten des Shirai Ryu verantwortlich war, sich als Sub-Zero verkleidet und den Lin Kuei dazu manipuliert hatte, seine Gebote abzugeben, und dass der echte Sub-Zero an dem Massaker nicht beteiligt war . Wütend entfernt sich Scorpion von der Spitze, um sich zu rächen. Am Höhepunkt des Turniers erleidet Liu während seines Spiels gegen Goro fast das gleiche Schicksal wie Jax, wird jedoch gerettet, als Scorpion Goro mit seinem Kunai durch den Kopf spießt, während Johnny, Sonya und Jax Kano erfolgreich töten. Shang Tsung fängt Quan Chi ein und enthüllt sein Vorhaben, Shinnok wiederzubeleben, um dann alle Bereiche auszurotten (Außenwelt und Erdhrealm eingeschlossen). Shang Tsung versucht, Scorpion gegen Liu kämpfen zu lassen, aber Scorpion nimmt Tsung als Geisel und verliert bereitwillig seinen Status als Kämpfer, um Lius Position als Sieger des Turniers zu sichern und Quan Chi freizulassen, damit das rachsüchtige Gespenst ihn töten kann. Nachdem sich Shang Tsung in die Außenwelt zurückgezogen hat, beginnt die Insel zusammenzubrechen. Die Earthrealm-Helden evakuieren zu einem nahe gelegenen Boot, während es Scorpion gelingt, Quan Chi im Kampf zu töten, bevor er sich seiner Familie und seinem Clan im Jenseits anschließt.
In der Folge wird Shang Tsung von Shao Kahn wegen seines Versagens gefoltert, bevor er angewiesen wird, Vorbereitungen für die Invasion von Earthrealm zu treffen.