In einem alternativen Universum ist die Justice League - Batman (Dr. Kirk Langstrom), Wonder Woman (Bekka) und Superman (Hernan Guerra, Sohn von General Zod) - eine autonome brutale Kraft, die die Ordnung auf der Erde aufrechterhält. Daher vermischt sich die öffentliche Meinung mit Ehrfurcht und Hass. Wissenschaftler Victor Fries; Ray Palmer; und Silas Stone werden zusammen mit seinem kleinen Sohn Victor nach ähnlichen Methoden wie die Justice League getötet. Präsidentin Amanda Waller bittet sie, bei den Ermittlungen der Regierung zusammenzuarbeiten. Wonder Woman spricht mit Steve Trevor, um zu erfahren, was die Regierung weiß, während Superman Lois Lane zum Tower of the Justice einlädt, wo er ihr von seinen Zielen erzählt, der Menschheit zu helfen, und enthüllt, wie wenig er über Krypton oder sein Erbe weiß.
Batman entdeckt eine E-Mail an Dr. Stone und eine Reihe von Wissenschaftlern, darunter Dr. Will Magnus, Kirks bester Freund, der bei seiner Transformation geholfen hat. Er fragt Magnus und seine Frau Tina nach "Project Fair Play", an dem Wissenschaftler unter Lex Luthors Anstellung beteiligt waren. Magnus bietet an zu fragen, was die anderen wissen. Magnus versammelt die verbleibenden Wissenschaftler (John Henry Irons, T. O. Morrow, Michael Holt, Pat Dugan, Emil Hamilton, Karen Beecher, Thaddeus Sivana, Kimiyo Hoshi und Stephen Shin), um Antworten zu erhalten. Sie werden jedoch von drei Roboter-Attentätern angegriffen, die über die Boom-Röhre reisen. Trotz ihrer Bemühungen verlassen die Attentäter Magnus als einzigen Überlebenden des Angriffs.
Die Liga bringt Magnus zum Turm, um sich zu erholen, während Superman zu Lex Luthors Satelliten fliegt, der den Mond umkreist. Luthor enthüllt, dass das Projekt eine Möglichkeit ist, die Liga bei Bedarf zu zerstören. Er enthüllt Superman auch die Wahrheit über Zod. Als Superman geht, dröhnt ein Roboter-Attentäter herein und zerstört den Satelliten, wodurch Luthor scheinbar getötet wird. Steve Trevor zeigt Waller Satellitenaufnahmen der Explosion und Supermans Anwesenheit und sie revanchiert sich mit Project Fair Play, das aus Truppen und Fahrzeugen besteht, die mit Energiewaffen bewaffnet sind, die von roter Sonnenstrahlung wie Kryptons Sonne angetrieben werden.
Superman und Wonder Woman stehen der Armee gegenüber, während Batman im Tower bleibt, wo er das Kraftfeld aktiviert und glaubt, Magnus könne die Liga räumen. Tina taucht plötzlich auf und unterwirft Batman, bevor sie sich in einen Flüssigmetallroboter verwandelt, und belebt Magnus mit einem organischen Nanitserum, das seine Kraft und Heilung verbessert. Magnus verrät, dass er alles mit seinen Metal Men orchestriert hat; er beabsichtigt, eine Nanitbombe zu detonieren, um die Menschheit gewaltsam zu einem Schwarmgeist zu verbinden. Er gibt zu, dass er die echte Tina in einem Anfall von Wut getötet und sie durch ein Roboterduplikat namens Platinum ersetzt hat, und schloss sich Fair Play an, um seine Ressourcen für die Finanzierung seines geheimen Nanite Bomb-Projekts bereitzustellen.
Während Magnus seine Waffe vorbereitet, teleportiert sich Luthor, der der Explosion entkommen ist, mitten in die Schlacht draußen und erzählt allen, dass er Magnus 'Plan entdeckt hat. Batman befreit sich und nutzt die Gelegenheit, um das Kraftfeld fallen zu lassen. Während Batman gegen Magnus kämpft, trifft Wonder Woman auf Platin, und Superman tritt gegen die Metal Men an, die sich schnell zu einer einzigen, mächtigeren Einheit zusammenschließen, die zunächst die Oberhand über Superman hat, weil sie ihn wiederholt durch schnelle Teleportation mit ihren drei Mutterboxen überfallen hat in sich. Wonder Woman benutzt die Boom-Röhre ihres Schwertes, um Platin in die Sonne zu schicken, während Superman es endlich schafft, die Mutterkisten im vereinten Metallmann zu zerstören, um seinen teleportbasierten Angriff zu stoppen, bevor er ihn unter die Erde bringt und in geschmolzenem Stein schmilzt. Die Liga zerstört die Bombe (auf Kosten von Supermans kryptonischem Fluchtschiff) und nachdem er von Batman besiegt wurde, begeht ein reumütiger Magnus Selbstmord, indem er sich mit Naniten auflöst.
Eine Woche später wurde die Justice League von jeglichem Fehlverhalten befreit, und die Welt sieht sie zusammen mit Lois Lane anders. Bekka beschließt, die Justice League zu verlassen, um sich zusammen mit Lex Luthor ihrer Vergangenheit zu stellen, die andere Universen erforschen möchte, nachdem sie sich mit dieser gelangweilt hat. Bevor Lex Luthor geht, gibt er Superman alle Daten über Krypton und sagt ihm, er solle ein "echter Held" sein. Der Film endet damit, dass Superman und Batman beschließen, die Daten zu nutzen, um der Menschheit zu helfen.