Ein junger, sprechender Bär lebt bei seiner Tante Lucy und seinem Onkel Pastuzo in Peru. Die kleine Familie ist sehr anglophil, da seine Tante und sein Onkel vor vielen Jahren einen englischen Forscher namens Montgomery Clyde kennengelernt hatten. Nachdem sich ihre Lebensumstände durch ein Erdbeben verschlechtern und sein Onkel stirbt, schmuggelt die Tante ihn auf ein Schiff, das nach England fährt. Sie vertraut dabei auf die Freundlichkeit Fremder und schickt den kleinen Bären mit einem Schild mit der Aufschrift „Bitte kümmern Sie sich um diesen Bären. Dankeschön“ auf die weite Reise. Dabei nimmt der Film explizit Bezug auf die Erfahrung der Londoner mit den Kindertransporten, bei denen zwischen 1938 und 1939 etwa 10.000 jüdische Kinder in Familien aufgenommen wurden.
Als der kleine Bär in London am Bahnhof Paddington ankommt, muss er schnell feststellen, dass das Stadtleben doch nicht so ist, wie er es sich vorgestellt hat. In der lauten, geschäftigen Metropole scheint ihn niemand wahrzunehmen. Schließlich hat er das Glück, von der Familie Brown gefunden und aufgenommen zu werden, die ihn der Einfachheit halber nach seinem Fundort „Paddington“ nennt. Nun macht sich der Bär auf die Suche nach der einzigen Person, die er in London kennt – dem Forscher, der viele Jahre zuvor seine Tante Lucy beeindruckt hatte. Unter anderem hilft ihm Herr Gruber, ein deutscher Jude, der selbst als Kind nach England kam.
Bald gerät Paddington jedoch in Gefahr, da die Tierpräparatorin Millicent Clyde es auf den seltenen Bären abgesehen hat. Der Forscher, ihr Vater, wurde einst verspottet und gedemütigt, weil er die sprechenden Bären nicht gejagt hatte, denn das hätte seine Familie reich gemacht. Seine Tochter schwor sich daher, einen von ihnen zu töten und ausgestopft auszustellen. Sie verschwört sich mit Mister Curry, dem misstrauischen Nachbarn der Browns. Ein erster Anschlag auf Paddington scheitert, aber das entstehende Chaos führt dazu, dass die Browns beschließen, den Bären nicht bei sich behalten zu können. Er sucht daraufhin selbst nach Montgomery Clyde und fällt in Millicents Hände. Als Mister Curry begreift, was sie plant, alarmiert er die Browns, die ihre Entscheidung längst bitter bereuen. Nur knapp kann Millicent daran gehindert werden, dem Bären etwas anzutun, weil die Browns ihm helfen. Sie nehmen Paddington auf und sind jetzt eine richtige Familie.
