Der kleine Fisch Ben lebt mit seinen Eltern in den schmutzigen und gefährlichen Gewässern vor Boston. Als eines Tages seine Eltern von einem Fischernetz gefangen werden, macht er sich auf den Weg zu seiner Tante Perla, die in einem Riff lebt. Den Weg dorthin zeigt ihm der Schweinswal Percy. Im Riff trifft er auf Cordelia, ein attraktives Fischmodel, das bereits auf der Titelseite der Zeitschrift National Geographic zu sehen war. Ben kommt Cordelia näher und verliebt sich in sie – sehr zum Ärger von Tigerhai Troy, der ebenfalls ein Auge auf Cordelia geworfen hat und die Bewohner des Riffs terrorisiert. Als Ben von Troy und seinen beiden Helfern bedroht wird, rettet Cordelia ihn, indem sie Troy zusagt, seine Perle anzunehmen, wenn er Ben freilässt. Unter den Riff-Bewohnern gilt das Annehmen einer Perle als ein Liebes-Versprechen, ähnlich einer Verlobung. Troy will nun Cordelia eine besonders schöne Perle überreichen und hat es deshalb auf die blaue Perle von Yogithee abgesehen. Yogithee ist eine alte und weise Meeresschildkröte, die in einem Schiffswrack abseits des Riffs lebt und besondere Kräfte und Kampftechniken beherrscht. Nach anfänglichem Zögern unterrichtet Yogithee Ben. Beim Kampf gegen Troy wird Ben von seinen Freunden unterstützt. Schließlich gelingt es Ben mit einer List, Troy in ein Fischernetz zu locken, wo er gefangen wird. Yogithee schenkt Ben schließlich seine Perle, die er Cordelia übergibt und von dieser auch angenommen wird.
