London, im Jahr 1897 nicht nur eine Metropole der Menschen, sondern auch der Mäuse: Der Spielzeugmacher Hampelmann wird von einer Fledermaus namens Greifer entführt. Seine Tochter Olivia macht sich zusammen mit dem Arzt und Kriegsveteranen Dr. Wasdenn auf den Weg in die Baker Street 221b, wo Basil, der große Mäusedetektiv, wohnt. Dieser ist zuerst mehr als desinteressiert, bis er in der Beschreibung des Entführers Greifer, den Gehilfen seines Erzfeindes, des genialen Verbrechers Professor Rattenzahn, erkennt.
Rattenzahn hält sich währenddessen am Hafen in seinem geheimen Hauptquartier auf. Dort hält er den Spielzeugmacher gefangen und will mit Hilfe einer von Hampelmann hergestellten Roboter-Kopie versuchen, die Mäusekönigin von Großbritannien zu stürzen und selbst König zu werden. Basil versucht das zu verhindern und kann tatsächlich den Roboter ausschalten. Er und Rattenzahn liefern einander im Uhrwerk des Londoner Wahrzeichens Big Ben ein letztes Gefecht, bei dem sie schließlich beide in die Tiefe stürzen. Basil kann sich jedoch mit einem von Greifer gebastelten Fluggerät retten.
Die Königin ehrt die Helden für ihre Taten. Olivia ist mit ihrem Vater wiedervereint, und Basil und Dr. Wasdenn beschließen, von nun an zusammenzuarbeiten.
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