ZitatDie Handlung dreht sich um G.I. Joe, Amerikas „waghalsige, hochqualifizierte Spezialmissionstruppe“. Die Joes haben gerade eine neue Technologie perfektioniert: Mind Interface Remote Control (MIRC), mit der Soldaten Fahrzeuge aus sicherer Entfernung fehlerfrei steuern können. Der Titel bezieht sich auf die Tatsache, dass die beiden gegensätzlichen Kräfte, die G.I. Joe Team und Cobra setzen Spione ein, um ihre Ziele zu erreichen. Cobra schickt Zartan, um G.I. Joes Hauptquartier, das sich als Schiffswrack ausgibt, und die MIRC-Technologie stehlen. Die Joes schicken Shipwreck und Snake Eyes in das feindliche Lager, nachdem sie erfahren haben, was passiert ist. Die Joes organisieren dann einen Angriff auf den Cobra Mountain und gewinnen die Technologie erfolgreich zurück, wobei sie Cobras Basis und Hubschrauber zerstören.