Der britische Spion John Patrick Mason hat noch zu J. Edgar Hoovers (ehemaliger Direktor des FBI) Lebzeiten einen Mikrofilm mit Regierungsgeheimnissen der Amerikaner gestohlen. Die detaillierten Informationen, etwa die Wahrheit über das Kennedy-Attentat, sind hochbrisant.
Mason wird bis dato in Hochsicherheitsgefängnissen gefangengehalten, da er die Filme versteckt hat und nicht preisgeben will, wo sie sind. Seine Existenz wird sowohl von der amerikanischen als auch von der britischen Regierung abgestritten.
Mason ist der einzige Häftling, der jemals von Alcatraz fliehen konnte – dies bereits ein Jahr nach seiner Inhaftierung. Dies gelang ihm aufgrund seiner hervorragenden SAS-Ausbildung.
Brigadegeneral Francis X. Hummel ist der vielschichtige „Bösewicht“ des Films. Bei einer fingierten Kontrolle eines Munitionsdepots für chemische Kampfstoffe bringt er 15 mit VX-Gas bestückte Raketen in seine Gewalt. Mit einem Marine-Force-Reconnaissance-Kommando verschanzt er sich mit 81 Touristen als Geiseln in Alcatraz und droht, die mitgebrachten Raketen auf San Francisco abzufeuern. Seine Forderung: ein Lösegeld von 100 Millionen Dollar von einem geheimen Konto der US-Regierung. Diese Einnahmen stammen von illegalen Waffenverkäufen der Vereinigten Staaten. Mit dem Geld will Hummel die Familien der Soldaten entschädigen, die unter seinem Kommando bei inoffiziellen Einsätzen (etwa in der Volksrepublik China und Laos während des Vietnamkrieges) ums Leben kamen. Aufgrund der geheimen Natur dieser Missionen wurden die Soldaten weder ausgezeichnet noch militärisch beigesetzt. Hummel hatte während seiner Laufbahn immer wieder versucht, diese für ihn unhaltbare Position juristisch zu klären. Nach dem Tod seiner Frau ist er nun bereit, mit Geiselnahme und Erpressung für vermeintliche Gerechtigkeit zu sorgen.
Der US-Regierung stehen nicht viele Möglichkeiten offen, um auf die Bedrohung San Franciscos durch einen Gasangriff zu reagieren. Der einzige zur Bekämpfung von VX-Gas dienliche Kampfstoff „Thermit-Plasma“ befindet sich noch in der Erprobung. Deswegen entscheiden sich die Verantwortlichen, einen Einsatztrupp der US Navy Seals (ein Spezialkommando der United States Navy) auf die Insel zu schicken, um General Hummel und seine Männer zu überraschen und die Raketen so wieder unter Kontrolle zu bekommen.
Für die Entschärfung der Raketen wird der Chemiewaffenspezialist Stanley Goodspeed gerufen. Er hat eine zweiwöchige Grundausbildung beim FBI absolviert, hat aber ansonsten keinerlei Kampferfahrung. Mason begleitet den SEALs-Trupp, um ihn durch das Tunnelsystem unter „The Rock“ zu führen. Doch durch ein Frühwarnsystem der Besetzer und die Schießwut der Söldner wird der Trupp gestellt und getötet. Lediglich Mason und Goodspeed überleben. Mason will von der Insel fliehen. Als er jedoch von Goodspeed von der Wirkung des VX-Gases und der Bedrohungslage für San Francisco erfährt, entscheidet er sich zu bleiben und bei der Entschärfung der Raketen zu helfen, da sich unter anderem auch seine eigene Tochter in der Stadt befindet. Darüber hinaus muss er sich selbstironisch eingestehen, dass er sowieso zu alt ist, um durch die Bucht ans andere Ufer zu schwimmen.
Nach und nach können die beiden die Raketen bis auf zwei entschärfen. Als dann eine abgefeuert wird und Hummel sie absichtlich ins Wasser stürzen lässt, kommt es zur Meuterei. Hummel stellt klar, dass er kein wahnsinniger Mörder sei und die Mission gescheitert sei, da sie lediglich auf der Androhung von Gewalt basiert habe. Daraufhin erschießen die Söldner Hummel und seine Gefolgsleute und wollen die letzte verbliebene Rakete abfeuern. Mason und Goodspeed können dies verhindern, allerdings kommt Goodspeed im Kampf gegen einen Soldaten in Kontakt mit VX und muss sich Atropin ins Herz spritzen. Dadurch kann er erst im letzten Moment durch das Zünden von Signalfackeln verhindern, dass die komplette Insel durch ein Bombardement mit Thermit-Plasma zerstört wird. Allerdings wurde bereits ein Sprengsatz abgeworfen, der einen Zellentrakt beschädigt, in dem sich keine Geiseln befinden.
Goodspeed behauptet, Mason sei durch den abgeworfenen Sprengsatz ums Leben gekommen, und gibt diesem dadurch die Chance, ein Leben in Freiheit zu führen. Im Gegenzug verrät Mason Goodspeed, wo sich der Mikrofilm mit den geheimen Dokumenten befindet, die Mason einst gestohlen hatte. Der Film endet damit, dass Goodspeed auf Hochzeitsreise den in einer abgelegenen Kirche versteckten Mikrofilm an sich nimmt und beim ersten Sichten seine Frau fragt, ob sie wissen wolle, wer Kennedy wirklich ermordet habe.
